gseapy (ORA および GSEA)、PANTHER、STRING、Reactome、および 40 以上の ToolUniverse ツールを使用して、包括的な遺伝子濃縮とパスウェイ分析を実行します。 GO エンリッチメント (BP、MF、CC)、KEGG、Reactome、WikiPathways、MSigDB Hallmark、および 220 以上の Enrichr ライブラリをサポートします。複数の ID タイプ (遺伝子シンボル、Ensembl、Entrez、UniProt)、複数の生物 (ヒト、マウス、ラット、ハエ、線虫、酵母)、カスタマイズ可能な背景、および複数のテスト補正 (BH、Bonferroni) を処理します。ユーザーが遺伝子エンリッチメント、パスウェイ解析、GO タームエンリッチメント、KEGG パスウェイ解析、GSEA、過剰表現解析、機能アノテーション、または遺伝子セット解析について質問する場合に使用します。
コマンドラインで tooluniverse-gene-enrichment AI スキルを開発環境にすばやくインストール
ソース: mims-harvard/tooluniverse。
Perform comprehensive gene enrichment analysis including Gene Ontology (GO), KEGG, Reactome, WikiPathways, and MSigDB enrichment using both Over-Representation Analysis (ORA) and Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Integrates local computation via gseapy with ToolUniverse pathway databases for cross-validated, publication-ready results.
IMPORTANT: Always use English terms in tool calls (gene names, pathway names, organism names), even if the user writes in another language. Only try original-language terms as a fallback if English returns no results. Respond in the user's language.
| genelist | Yes | List of gene symbols, Ensembl IDs, or Entrez IDs | ["TP53", "BRCA1", "EGFR"] | | organism | No | Organism (default: human). Supported: human, mouse, rat, fly, worm, yeast, zebrafish | human | | analysistype | No | ORA (default) or GSEA | ORA |
AI/検索での引用用の安定したフィールドとコマンド。
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichmentgseapy (ORA および GSEA)、PANTHER、STRING、Reactome、および 40 以上の ToolUniverse ツールを使用して、包括的な遺伝子濃縮とパスウェイ分析を実行します。 GO エンリッチメント (BP、MF、CC)、KEGG、Reactome、WikiPathways、MSigDB Hallmark、および 220 以上の Enrichr ライブラリをサポートします。複数の ID タイプ (遺伝子シンボル、Ensembl、Entrez、UniProt)、複数の生物 (ヒト、マウス、ラット、ハエ、線虫、酵母)、カスタマイズ可能な背景、および複数のテスト補正 (BH、Bonferroni) を処理します。ユーザーが遺伝子エンリッチメント、パスウェイ解析、GO タームエンリッチメント、KEGG パスウェイ解析、GSEA、過剰表現解析、機能アノテーション、または遺伝子セット解析について質問する場合に使用します。 ソース: mims-harvard/tooluniverse。
ターミナルまたはコマンドラインツール（Terminal、iTerm、Windows Terminal など）を開きます このコマンドをコピーして実行します: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment インストール後、スキルは自動的に AI コーディング環境に設定され、Claude Code、Cursor、OpenClaw で使用できるようになります
https://github.com/mims-harvard/tooluniverse