Esegui analisi complete dell'arricchimento genetico e del percorso utilizzando gseapy (ORA e GSEA), PANTHER, STRING, Reactome e oltre 40 strumenti ToolUniverse. Supporta l'arricchimento GO (BP, MF, CC), KEGG, Reactome, WikiPathways, MSigDB Hallmark e oltre 220 librerie Enrichr. Gestisce più tipi di ID (simboli di geni, Ensembl, Entrez, UniProt), più organismi (umano, topo, ratto, mosca, verme, lievito), sfondi personalizzabili e correzione di test multipli (BH, Bonferroni). Da utilizzare quando gli utenti chiedono informazioni su arricchimento genetico, analisi del percorso, arricchimento del termine GO, analisi del percorso KEGG, GSEA, analisi di sovrarappresentazione, annotazione funzionale o analisi del set di geni.
Installa rapidamente la skill AI tooluniverse-gene-enrichment nel tuo ambiente di sviluppo tramite riga di comando
Apri il terminale: Apri il tuo terminale o strumento da riga di comando (Terminal, iTerm, Windows Terminal, ecc.)
Esegui il comando di installazione: Copia ed esegui questo comando: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment
Verifica l'installazione: Dopo l'installazione, la skill verrà configurata automaticamente nel tuo ambiente AI di coding e sarà pronta all'uso in Claude Code, Cursor o OpenClaw
Perform comprehensive gene enrichment analysis including Gene Ontology (GO), KEGG, Reactome, WikiPathways, and MSigDB enrichment using both Over-Representation Analysis (ORA) and Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Integrates local computation via gseapy with ToolUniverse pathway databases for cross-validated, publication-ready results.
IMPORTANT: Always use English terms in tool calls (gene names, pathway names, organism names), even if the user writes in another language. Only try original-language terms as a fallback if English returns no results. Respond in the user's language.
| genelist | Yes | List of gene symbols, Ensembl IDs, or Entrez IDs | ["TP53", "BRCA1", "EGFR"] | | organism | No | Organism (default: human). Supported: human, mouse, rat, fly, worm, yeast, zebrafish | human | | analysistype | No | ORA (default) or GSEA | ORA |
Esegui analisi complete dell'arricchimento genetico e del percorso utilizzando gseapy (ORA e GSEA), PANTHER, STRING, Reactome e oltre 40 strumenti ToolUniverse. Supporta l'arricchimento GO (BP, MF, CC), KEGG, Reactome, WikiPathways, MSigDB Hallmark e oltre 220 librerie Enrichr. Gestisce più tipi di ID (simboli di geni, Ensembl, Entrez, UniProt), più organismi (umano, topo, ratto, mosca, verme, lievito), sfondi personalizzabili e correzione di test multipli (BH, Bonferroni). Da utilizzare quando gli utenti chiedono informazioni su arricchimento genetico, analisi del percorso, arricchimento del termine GO, analisi del percorso KEGG, GSEA, analisi di sovrarappresentazione, annotazione funzionale o analisi del set di geni. Fonte: mims-harvard/tooluniverse.
Come installo tooluniverse-gene-enrichment?
Apri il tuo terminale o strumento da riga di comando (Terminal, iTerm, Windows Terminal, ecc.) Copia ed esegui questo comando: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment Dopo l'installazione, la skill verrà configurata automaticamente nel tuo ambiente AI di coding e sarà pronta all'uso in Claude Code, Cursor o OpenClaw