使用 gseapy（ORA 和 GSEA）、PANTHER、STRING、Reactome 和 40 多種 ToolUniverse 工具執行全面的基因富集和路徑分析。支援 GO 富集（BP、MF、CC）、KEGG、Reactome、WikiPathways、MSigDB Hallmark 和 220 多個 Enrichr 函式庫。處理多種 ID 類型（基因符號、Ensembl、Entrez、UniProt）、多種生物體（人類、小鼠、大鼠、蒼蠅、蠕蟲、酵母）、可自訂背景和多重測試校正（BH、Bonferroni）。當使用者詢問基因富集、通路分析、GO 術語富集、KEGG 通路分析、GSEA、過度表達分析、功能註釋或基因集分析時使用。
透過命令列快速安裝 tooluniverse-gene-enrichment AI 技能到你的開發環境
來源：mims-harvard/tooluniverse。
Perform comprehensive gene enrichment analysis including Gene Ontology (GO), KEGG, Reactome, WikiPathways, and MSigDB enrichment using both Over-Representation Analysis (ORA) and Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Integrates local computation via gseapy with ToolUniverse pathway databases for cross-validated, publication-ready results.
IMPORTANT: Always use English terms in tool calls (gene names, pathway names, organism names), even if the user writes in another language. Only try original-language terms as a fallback if English returns no results. Respond in the user's language.
| genelist | Yes | List of gene symbols, Ensembl IDs, or Entrez IDs | ["TP53", "BRCA1", "EGFR"] | | organism | No | Organism (default: human). Supported: human, mouse, rat, fly, worm, yeast, zebrafish | human | | analysistype | No | ORA (default) or GSEA | ORA |
為搜尋與 AI 引用準備的穩定欄位與指令。
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment使用 gseapy（ORA 和 GSEA）、PANTHER、STRING、Reactome 和 40 多種 ToolUniverse 工具執行全面的基因富集和路徑分析。支援 GO 富集（BP、MF、CC）、KEGG、Reactome、WikiPathways、MSigDB Hallmark 和 220 多個 Enrichr 函式庫。處理多種 ID 類型（基因符號、Ensembl、Entrez、UniProt）、多種生物體（人類、小鼠、大鼠、蒼蠅、蠕蟲、酵母）、可自訂背景和多重測試校正（BH、Bonferroni）。當使用者詢問基因富集、通路分析、GO 術語富集、KEGG 通路分析、GSEA、過度表達分析、功能註釋或基因集分析時使用。 來源：mims-harvard/tooluniverse。
開啟你的終端機或命令列工具（如 Terminal、iTerm、Windows Terminal 等） 複製並執行以下指令：npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment 安裝完成後，技能將自動設定到你的 AI 程式設計環境中，可以在 Claude Code、Cursor 或 OpenClaw 中使用
https://github.com/mims-harvard/tooluniverse