Effectuez un enrichissement génétique complet et une analyse des voies à l'aide de gseapy (ORA et GSEA), PANTHER, STRING, Reactome et plus de 40 outils ToolUniverse. Prend en charge l'enrichissement GO (BP, MF, CC), KEGG, Reactome, WikiPathways, MSigDB Hallmark et plus de 220 bibliothèques Enrichr. Gère plusieurs types d'identification (symboles génétiques, Ensembl, Entrez, UniProt), plusieurs organismes (humain, souris, rat, mouche, ver, levure), des arrière-plans personnalisables et plusieurs corrections de tests (BH, Bonferroni). À utiliser lorsque les utilisateurs posent des questions sur l'enrichissement génétique, l'analyse de la voie, l'enrichissement du terme GO, l'analyse de la voie KEGG, la GSEA, l'analyse de surreprésentation, l'annotation fonctionnelle ou l'analyse d'un ensemble de gènes.
Installez rapidement le skill IA tooluniverse-gene-enrichment dans votre environnement de développement via la ligne de commande
Ouvrir le Terminal: Ouvrez votre terminal ou outil de ligne de commande (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.)
Exécuter la commande d'installation: Copiez et exécutez cette commande : npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment
Vérifier l'installation: Une fois installé, le skill sera automatiquement configuré dans votre environnement de programmation IA et prêt à être utilisé dans Claude Code, Cursor ou OpenClaw
Perform comprehensive gene enrichment analysis including Gene Ontology (GO), KEGG, Reactome, WikiPathways, and MSigDB enrichment using both Over-Representation Analysis (ORA) and Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Integrates local computation via gseapy with ToolUniverse pathway databases for cross-validated, publication-ready results.
IMPORTANT: Always use English terms in tool calls (gene names, pathway names, organism names), even if the user writes in another language. Only try original-language terms as a fallback if English returns no results. Respond in the user's language.
| genelist | Yes | List of gene symbols, Ensembl IDs, or Entrez IDs | ["TP53", "BRCA1", "EGFR"] | | organism | No | Organism (default: human). Supported: human, mouse, rat, fly, worm, yeast, zebrafish | human | | analysistype | No | ORA (default) or GSEA | ORA |
Faits (prêts à citer)
Champs et commandes stables pour les citations IA/recherche.
Effectuez un enrichissement génétique complet et une analyse des voies à l'aide de gseapy (ORA et GSEA), PANTHER, STRING, Reactome et plus de 40 outils ToolUniverse. Prend en charge l'enrichissement GO (BP, MF, CC), KEGG, Reactome, WikiPathways, MSigDB Hallmark et plus de 220 bibliothèques Enrichr. Gère plusieurs types d'identification (symboles génétiques, Ensembl, Entrez, UniProt), plusieurs organismes (humain, souris, rat, mouche, ver, levure), des arrière-plans personnalisables et plusieurs corrections de tests (BH, Bonferroni). À utiliser lorsque les utilisateurs posent des questions sur l'enrichissement génétique, l'analyse de la voie, l'enrichissement du terme GO, l'analyse de la voie KEGG, la GSEA, l'analyse de surreprésentation, l'annotation fonctionnelle ou l'analyse d'un ensemble de gènes. Source : mims-harvard/tooluniverse.
Comment installer tooluniverse-gene-enrichment ?
Ouvrez votre terminal ou outil de ligne de commande (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Copiez et exécutez cette commande : npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-gene-enrichment Une fois installé, le skill sera automatiquement configuré dans votre environnement de programmation IA et prêt à être utilisé dans Claude Code, Cursor ou OpenClaw