·foldseek
</>

foldseek

✓
adaptyvbio/protein-design-skillsGitHub: adaptyvbio/protein-design-skillsИсточник: adaptyvbio/protein-design-skills

Поиск сходства структур с помощью Foldseek. Используйте этот навык, когда: (1) Находите похожие структуры в базах данных PDB/AFDB, (2) Поиск структурной гомологии, (3) Запросы к базе данных по трехмерной структуре, (4) Поиск удаленных гомологов, не обнаруженных по последовательности, (5) Кластеризация структур по сходству. Для сходства последовательностей используйте uniprot BLAST. Для прогнозирования структуры используйте chai или Boltz.

adaptyvbio·foldseek
16Установки·0Тренд·@adaptyvbio

Установка

GitHub: adaptyvbio/protein-design-skills
$npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek

Как установить foldseek

Быстро установите AI-навык foldseek в вашу среду разработки через командную строку

  1. Откройте терминал: Откройте терминал или инструмент командной строки (Terminal, iTerm, Windows Terminal и т.д.)
  2. Выполните команду установки: Скопируйте и выполните эту команду: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek
  3. Проверьте установку: После установки навык будет автоматически настроен в вашей AI-среде разработки и готов к использованию в Claude Code, Cursor или OpenClaw

Источник: adaptyvbio/protein-design-skills.

SKILL.md

Показать raw

| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |

Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.

| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |

Поиск сходства структур с помощью Foldseek. Используйте этот навык, когда: (1) Находите похожие структуры в базах данных PDB/AFDB, (2) Поиск структурной гомологии, (3) Запросы к базе данных по трехмерной структуре, (4) Поиск удаленных гомологов, не обнаруженных по последовательности, (5) Кластеризация структур по сходству. Для сходства последовательностей используйте uniprot BLAST. Для прогнозирования структуры используйте chai или Boltz. Источник: adaptyvbio/protein-design-skills.

Факты (для цитирования)

Стабильные поля и команды для ссылок в AI/поиске.

Команда установки
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek
Источник
adaptyvbio/protein-design-skills
Категория
</>Разработка
Проверено
✓
Впервые замечено
2026-02-01
Обновлено
2026-03-10
URL
https://www.learn-skills.dev/ru/skills/adaptyvbio/protein-design-skills/foldseek

Browse more skills from adaptyvbio/protein-design-skills

Короткие ответы

Что такое foldseek?

Поиск сходства структур с помощью Foldseek. Используйте этот навык, когда: (1) Находите похожие структуры в базах данных PDB/AFDB, (2) Поиск структурной гомологии, (3) Запросы к базе данных по трехмерной структуре, (4) Поиск удаленных гомологов, не обнаруженных по последовательности, (5) Кластеризация структур по сходству. Для сходства последовательностей используйте uniprot BLAST. Для прогнозирования структуры используйте chai или Boltz. Источник: adaptyvbio/protein-design-skills.

Как установить foldseek?

Откройте терминал или инструмент командной строки (Terminal, iTerm, Windows Terminal и т.д.) Скопируйте и выполните эту команду: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek После установки навык будет автоматически настроен в вашей AI-среде разработки и готов к использованию в Claude Code, Cursor или OpenClaw

Где находится исходный репозиторий?

https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills

Детали

Категория
</>Разработка
Источник
skills.sh
Впервые замечено
2026-02-01

Похожие навыки

cell-free-expression
21 Установки
binding-characterization
19 Установки
ipsae
19 Установки
protein-qc
19 Установки
campaign-manager
18 Установки
protein-design-workflow
18 Установки