foldseek
✓使用 Foldseek 進行結構相似性搜索。在以下情況下使用此技能：(1) 在 PDB/AFDB 數據庫中查找相似結構，(2) 結構同源性搜索，(3) 通過 3D 結構進行數據庫查詢，(4) 查找序列未檢測到的遠程同源物，(5) 通過相似性對結構進行聚類。 對於序列相似性，請使用 uniprot BLAST。對於結構預測，請使用 chai 或 Boltz。
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
使用 Foldseek 進行結構相似性搜索。在以下情況下使用此技能：(1) 在 PDB/AFDB 數據庫中查找相似結構，(2) 結構同源性搜索，(3) 通過 3D 結構進行數據庫查詢，(4) 查找序列未檢測到的遠程同源物，(5) 通過相似性對結構進行聚類。 對於序列相似性，請使用 uniprot BLAST。對於結構預測，請使用 chai 或 Boltz。 來源：adaptyvbio/protein-design-skills。
可引用資訊
為搜尋與 AI 引用準備的穩定欄位與指令。
- 安裝指令
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek- 分類
- </>開發工具
- 認證
- ✓
- 收錄時間
- 2026-02-01
- 更新時間
- 2026-02-18
快速解答
什麼是 foldseek？
使用 Foldseek 進行結構相似性搜索。在以下情況下使用此技能：(1) 在 PDB/AFDB 數據庫中查找相似結構，(2) 結構同源性搜索，(3) 通過 3D 結構進行數據庫查詢，(4) 查找序列未檢測到的遠程同源物，(5) 通過相似性對結構進行聚類。 對於序列相似性，請使用 uniprot BLAST。對於結構預測，請使用 chai 或 Boltz。 來源：adaptyvbio/protein-design-skills。
如何安裝 foldseek？
開啟你的終端機或命令列工具（如 Terminal、iTerm、Windows Terminal 等） 複製並執行以下指令：npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek 安裝完成後，技能將自動設定到你的 AI 程式設計環境中，可以在 Claude Code 或 Cursor 中使用
這個 Skill 的原始碼在哪？
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
詳情
- 分類
- </>開發工具
- 來源
- skills.sh
- 收錄時間
- 2026-02-01