foldseek
✓Strukturähnlichkeitssuche mit Foldseek. Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn: (1) ähnliche Strukturen in PDB/AFDB-Datenbanken gefunden werden, (2) Strukturhomologiesuche, (3) Datenbankabfragen nach 3D-Struktur, (4) entfernte Homologe finden, die nicht anhand der Sequenz erkannt werden, (5) Strukturen nach Ähnlichkeit gruppieren. Für Sequenzähnlichkeit verwenden Sie uniprot BLAST. Verwenden Sie für die Strukturvorhersage Chai oder Boltz.
Installation
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
Strukturähnlichkeitssuche mit Foldseek. Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn: (1) ähnliche Strukturen in PDB/AFDB-Datenbanken gefunden werden, (2) Strukturhomologiesuche, (3) Datenbankabfragen nach 3D-Struktur, (4) entfernte Homologe finden, die nicht anhand der Sequenz erkannt werden, (5) Strukturen nach Ähnlichkeit gruppieren. Für Sequenzähnlichkeit verwenden Sie uniprot BLAST. Verwenden Sie für die Strukturvorhersage Chai oder Boltz. Quelle: adaptyvbio/protein-design-skills.
Fakten (zitierbereit)
Stabile Felder und Befehle für KI/Such-Zitate.
- Installationsbefehl
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek- Kategorie
- </>Entwicklung
- Verifiziert
- ✓
- Erstes Auftreten
- 2026-02-01
- Aktualisiert
- 2026-02-18
Schnelle Antworten
Was ist foldseek?
Strukturähnlichkeitssuche mit Foldseek. Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn: (1) ähnliche Strukturen in PDB/AFDB-Datenbanken gefunden werden, (2) Strukturhomologiesuche, (3) Datenbankabfragen nach 3D-Struktur, (4) entfernte Homologe finden, die nicht anhand der Sequenz erkannt werden, (5) Strukturen nach Ähnlichkeit gruppieren. Für Sequenzähnlichkeit verwenden Sie uniprot BLAST. Verwenden Sie für die Strukturvorhersage Chai oder Boltz. Quelle: adaptyvbio/protein-design-skills.
Wie installiere ich foldseek?
Öffnen Sie Ihr Terminal oder Kommandozeilen-Tool (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Kopieren Sie diesen Befehl und führen Sie ihn aus: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek Nach der Installation wird der Skill automatisch in Ihrer KI-Programmierumgebung konfiguriert und ist bereit zur Verwendung in Claude Code oder Cursor
Wo ist das Quell-Repository?
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
Details
- Kategorie
- </>Entwicklung
- Quelle
- skills.sh
- Erstes Auftreten
- 2026-02-01