ipsae
✓Ranking des Bindemitteldesigns mithilfe von ipSAE (Interprotein Score from Aligned Errors). Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn: (1) Binder-Designs für experimentelle Tests bewertet werden, (2) BindCraft- oder RFdiffusion-Ausgaben gefiltert werden, (3) AF2/AF3/Boltz-Vorhersagen verglichen werden, (4) Bindungserfolgsraten vorhergesagt werden, (5) ein besseres Ranking als ipTM oder iPAE benötigt wird. Verwenden Sie für die Strukturvorhersage Chai oder Alphafold. Verwenden Sie für QC-Schwellenwerte protein-qc.
Installation
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | NumPy | 1.20+ | Latest | | RAM | 8GB | 16GB |
ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors) is a scoring function for ranking protein-protein interactions predicted by AlphaFold2, AlphaFold3, and Boltz1. It outperforms ipTM and iPAE for binder design ranking with 1.4x higher precision in identifying true binders.
| PAE file | JSON (AF2/AF3) or NPZ (Boltz) | Match predictor | | Structure file | PDB or CIF structure | Match PAE | | PAE cutoff | Threshold for contacts | 10-15 | | Distance cutoff | Max CA-CA distance (A) | 10-15 |
Ranking des Bindemitteldesigns mithilfe von ipSAE (Interprotein Score from Aligned Errors). Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn: (1) Binder-Designs für experimentelle Tests bewertet werden, (2) BindCraft- oder RFdiffusion-Ausgaben gefiltert werden, (3) AF2/AF3/Boltz-Vorhersagen verglichen werden, (4) Bindungserfolgsraten vorhergesagt werden, (5) ein besseres Ranking als ipTM oder iPAE benötigt wird. Verwenden Sie für die Strukturvorhersage Chai oder Alphafold. Verwenden Sie für QC-Schwellenwerte protein-qc. Quelle: adaptyvbio/protein-design-skills.
Fakten (zitierbereit)
Stabile Felder und Befehle für KI/Such-Zitate.
- Installationsbefehl
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill ipsae- Kategorie
- </>Entwicklung
- Verifiziert
- ✓
- Erstes Auftreten
- 2026-02-01
- Aktualisiert
- 2026-02-18
Schnelle Antworten
Was ist ipsae?
Ranking des Bindemitteldesigns mithilfe von ipSAE (Interprotein Score from Aligned Errors). Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn: (1) Binder-Designs für experimentelle Tests bewertet werden, (2) BindCraft- oder RFdiffusion-Ausgaben gefiltert werden, (3) AF2/AF3/Boltz-Vorhersagen verglichen werden, (4) Bindungserfolgsraten vorhergesagt werden, (5) ein besseres Ranking als ipTM oder iPAE benötigt wird. Verwenden Sie für die Strukturvorhersage Chai oder Alphafold. Verwenden Sie für QC-Schwellenwerte protein-qc. Quelle: adaptyvbio/protein-design-skills.
Wie installiere ich ipsae?
Öffnen Sie Ihr Terminal oder Kommandozeilen-Tool (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Kopieren Sie diesen Befehl und führen Sie ihn aus: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill ipsae Nach der Installation wird der Skill automatisch in Ihrer KI-Programmierumgebung konfiguriert und ist bereit zur Verwendung in Claude Code oder Cursor
Wo ist das Quell-Repository?
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
Details
- Kategorie
- </>Entwicklung
- Quelle
- skills.sh
- Erstes Auftreten
- 2026-02-01