ipsae

SKILL.md

| Python | 3.8+ | 3.10 | | NumPy | 1.20+ | Latest | | RAM | 8GB | 16GB |

ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors) is a scoring function for ranking protein-protein interactions predicted by AlphaFold2, AlphaFold3, and Boltz1. It outperforms ipTM and iPAE for binder design ranking with 1.4x higher precision in identifying true binders.

| PAE file | JSON (AF2/AF3) or NPZ (Boltz) | Match predictor | | Structure file | PDB or CIF structure | Match PAE | | PAE cutoff | Threshold for contacts | 10-15 | | Distance cutoff | Max CA-CA distance (A) | 10-15 |

ipSAE (Aligned Errors からのタンパク質間スコア) を使用したバインダー設計のランキング。このスキルは、(1) 実験テスト用のバインダー設計のランク付け、(2) BindCraft または RFdiffusion 出力のフィルタリング、(3) AF2/AF3/Boltz 予測の比較、(4) バインディング成功率の予測、(5) ipTM または iPAE よりも優れたランク付けが必要な場合に使用します。 構造予測にはchaiまたはalphafoldを使用します。 QC しきい値には、protein-qc を使用します。 ソース: adaptyvbio/protein-design-skills。

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