ipsae
✓Classement de la conception du classeur à l'aide de l'ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors). Utilisez cette compétence lorsque : (1) Classement des conceptions de liants pour des tests expérimentaux, (2) Filtrage des sorties BindCraft ou RFdiffusion, (3) Comparaison des prédictions AF2/AF3/Boltz, (4) Prédiction des taux de réussite de liaison, (5) Besoin d'un meilleur classement que ipTM ou iPAE. Pour la prédiction de structure, utilisez chai ou alphafold. Pour les seuils QC, utilisez Protein-Qc.
Installation
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | NumPy | 1.20+ | Latest | | RAM | 8GB | 16GB |
ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors) is a scoring function for ranking protein-protein interactions predicted by AlphaFold2, AlphaFold3, and Boltz1. It outperforms ipTM and iPAE for binder design ranking with 1.4x higher precision in identifying true binders.
| PAE file | JSON (AF2/AF3) or NPZ (Boltz) | Match predictor | | Structure file | PDB or CIF structure | Match PAE | | PAE cutoff | Threshold for contacts | 10-15 | | Distance cutoff | Max CA-CA distance (A) | 10-15 |
Classement de la conception du classeur à l'aide de l'ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors). Utilisez cette compétence lorsque : (1) Classement des conceptions de liants pour des tests expérimentaux, (2) Filtrage des sorties BindCraft ou RFdiffusion, (3) Comparaison des prédictions AF2/AF3/Boltz, (4) Prédiction des taux de réussite de liaison, (5) Besoin d'un meilleur classement que ipTM ou iPAE. Pour la prédiction de structure, utilisez chai ou alphafold. Pour les seuils QC, utilisez Protein-Qc. Source : adaptyvbio/protein-design-skills.
Faits (prêts à citer)
Champs et commandes stables pour les citations IA/recherche.
- Commande d'installation
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill ipsae- Catégorie
- </>Développement
- Vérifié
- ✓
- Première apparition
- 2026-02-01
- Mis à jour
- 2026-02-18
Réponses rapides
Qu'est-ce que ipsae ?
Classement de la conception du classeur à l'aide de l'ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors). Utilisez cette compétence lorsque : (1) Classement des conceptions de liants pour des tests expérimentaux, (2) Filtrage des sorties BindCraft ou RFdiffusion, (3) Comparaison des prédictions AF2/AF3/Boltz, (4) Prédiction des taux de réussite de liaison, (5) Besoin d'un meilleur classement que ipTM ou iPAE. Pour la prédiction de structure, utilisez chai ou alphafold. Pour les seuils QC, utilisez Protein-Qc. Source : adaptyvbio/protein-design-skills.
Comment installer ipsae ?
Ouvrez votre terminal ou outil de ligne de commande (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Copiez et exécutez cette commande : npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill ipsae Une fois installé, le skill sera automatiquement configuré dans votre environnement de programmation IA et prêt à être utilisé dans Claude Code ou Cursor
Où se trouve le dépôt source ?
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
Détails
- Catégorie
- </>Développement
- Source
- skills.sh
- Première apparition
- 2026-02-01