foldseek
✓Foldseekによる構造類似性検索。このスキルは、(1) PDB/AFDB データベースでの類似構造の検索、(2) 構造相同性検索、(3) 3D 構造によるデータベース クエリ、(4) 配列によって検出されないリモート相同体の検索、(5) 類似性による構造のクラスタリングの場合に使用します。 配列の類似性については、uniprot BLAST を使用します。構造予測にはchaiまたはboltzを使用します。
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
Foldseekによる構造類似性検索。このスキルは、(1) PDB/AFDB データベースでの類似構造の検索、(2) 構造相同性検索、(3) 3D 構造によるデータベース クエリ、(4) 配列によって検出されないリモート相同体の検索、(5) 類似性による構造のクラスタリングの場合に使用します。 配列の類似性については、uniprot BLAST を使用します。構造予測にはchaiまたはboltzを使用します。 ソース: adaptyvbio/protein-design-skills。
引用可能な情報
AI/検索での引用用の安定したフィールドとコマンド。
- インストールコマンド
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek- カテゴリ
- </>開発ツール
- 認証済み
- ✓
- 初回登録
- 2026-02-01
- 更新日
- 2026-02-18
クイックアンサー
foldseek とは？
Foldseekによる構造類似性検索。このスキルは、(1) PDB/AFDB データベースでの類似構造の検索、(2) 構造相同性検索、(3) 3D 構造によるデータベース クエリ、(4) 配列によって検出されないリモート相同体の検索、(5) 類似性による構造のクラスタリングの場合に使用します。 配列の類似性については、uniprot BLAST を使用します。構造予測にはchaiまたはboltzを使用します。 ソース: adaptyvbio/protein-design-skills。
foldseek のインストール方法は？
ターミナルまたはコマンドラインツール（Terminal、iTerm、Windows Terminal など）を開きます このコマンドをコピーして実行します: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek インストール後、スキルは自動的に AI コーディング環境に設定され、Claude Code や Cursor で使用できるようになります
ソースリポジトリはどこですか？
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
詳細
- カテゴリ
- </>開発ツール
- ソース
- skills.sh
- 初回登録
- 2026-02-01