foldseek
✓使用 Foldseek 进行结构相似性搜索。在以下情况下使用此技能：(1) 在 PDB/AFDB 数据库中查找相似结构，(2) 结构同源性搜索，(3) 通过 3D 结构进行数据库查询，(4) 查找序列未检测到的远程同源物，(5) 通过相似性对结构进行聚类。 对于序列相似性，请使用 uniprot BLAST。对于结构预测，请使用 chai 或 Boltz。
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
使用 Foldseek 进行结构相似性搜索。在以下情况下使用此技能：(1) 在 PDB/AFDB 数据库中查找相似结构，(2) 结构同源性搜索，(3) 通过 3D 结构进行数据库查询，(4) 查找序列未检测到的远程同源物，(5) 通过相似性对结构进行聚类。 对于序列相似性，请使用 uniprot BLAST。对于结构预测，请使用 chai 或 Boltz。 来源：adaptyvbio/protein-design-skills。
可引用信息
为搜索与 AI 引用准备的稳定字段与命令。
- 安装命令
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek- 分类
- </>开发工具
- 认证
- ✓
- 收录时间
- 2026-02-01
- 更新时间
- 2026-02-18
快速解答
什么是 foldseek？
使用 Foldseek 进行结构相似性搜索。在以下情况下使用此技能：(1) 在 PDB/AFDB 数据库中查找相似结构，(2) 结构同源性搜索，(3) 通过 3D 结构进行数据库查询，(4) 查找序列未检测到的远程同源物，(5) 通过相似性对结构进行聚类。 对于序列相似性，请使用 uniprot BLAST。对于结构预测，请使用 chai 或 Boltz。 来源：adaptyvbio/protein-design-skills。
如何安装 foldseek？
打开你的终端或命令行工具（如 Terminal、iTerm、Windows Terminal 等） 复制并运行以下命令：npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek 安装完成后，技能将自动配置到你的 AI 编程环境中，可以在 Claude Code 或 Cursor 中使用
这个 Skill 的源码在哪？
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
详情
- 分类
- </>开发工具
- 来源
- skills.sh
- 收录时间
- 2026-02-01