foldseek
✓Recherche de similarité de structure avec Foldseek. Utilisez cette compétence lorsque : (1) Recherche de structures similaires dans des bases de données PDB/AFDB, (2) Recherche d'homologie structurelle, (3) Requêtes de base de données par structure 3D, (4) Recherche d'homologues distants non détectés par séquence, (5) Regroupement de structures par similarité. Pour la similarité de séquence, utilisez uniprot BLAST. Pour la prédiction de la structure, utilisez chai ou boltz.
Installation
SKILL.md
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
Recherche de similarité de structure avec Foldseek. Utilisez cette compétence lorsque : (1) Recherche de structures similaires dans des bases de données PDB/AFDB, (2) Recherche d'homologie structurelle, (3) Requêtes de base de données par structure 3D, (4) Recherche d'homologues distants non détectés par séquence, (5) Regroupement de structures par similarité. Pour la similarité de séquence, utilisez uniprot BLAST. Pour la prédiction de la structure, utilisez chai ou boltz. Source : adaptyvbio/protein-design-skills.
Faits (prêts à citer)
Champs et commandes stables pour les citations IA/recherche.
- Commande d'installation
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek- Catégorie
- </>Développement
- Vérifié
- ✓
- Première apparition
- 2026-02-01
- Mis à jour
- 2026-02-18
Réponses rapides
Qu'est-ce que foldseek ?
Recherche de similarité de structure avec Foldseek. Utilisez cette compétence lorsque : (1) Recherche de structures similaires dans des bases de données PDB/AFDB, (2) Recherche d'homologie structurelle, (3) Requêtes de base de données par structure 3D, (4) Recherche d'homologues distants non détectés par séquence, (5) Regroupement de structures par similarité. Pour la similarité de séquence, utilisez uniprot BLAST. Pour la prédiction de la structure, utilisez chai ou boltz. Source : adaptyvbio/protein-design-skills.
Comment installer foldseek ?
Ouvrez votre terminal ou outil de ligne de commande (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Copiez et exécutez cette commande : npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek Une fois installé, le skill sera automatiquement configuré dans votre environnement de programmation IA et prêt à être utilisé dans Claude Code ou Cursor
Où se trouve le dépôt source ?
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills
Détails
- Catégorie
- </>Développement
- Source
- skills.sh
- Première apparition
- 2026-02-01