Ricerca di similarità della struttura con Foldseek. Utilizzare questa abilità quando: (1) Trovare strutture simili nei database PDB/AFDB, (2) Ricerca di omologia strutturale, (3) Query del database per struttura 3D, (4) Trovare omologhi remoti non rilevati dalla sequenza, (5) Raggruppare strutture per somiglianza. Per la somiglianza della sequenza, utilizzare uniprot BLAST. Per la previsione della struttura, utilizzare chai o Boltz.
Installa rapidamente la skill AI foldseek nel tuo ambiente di sviluppo tramite riga di comando
Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
Ricerca di similarità della struttura con Foldseek. Utilizzare questa abilità quando: (1) Trovare strutture simili nei database PDB/AFDB, (2) Ricerca di omologia strutturale, (3) Query del database per struttura 3D, (4) Trovare omologhi remoti non rilevati dalla sequenza, (5) Raggruppare strutture per somiglianza. Per la somiglianza della sequenza, utilizzare uniprot BLAST. Per la previsione della struttura, utilizzare chai o Boltz. Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.
Campi e comandi stabili per citazioni AI/ricerca.
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseekRicerca di similarità della struttura con Foldseek. Utilizzare questa abilità quando: (1) Trovare strutture simili nei database PDB/AFDB, (2) Ricerca di omologia strutturale, (3) Query del database per struttura 3D, (4) Trovare omologhi remoti non rilevati dalla sequenza, (5) Raggruppare strutture per somiglianza. Per la somiglianza della sequenza, utilizzare uniprot BLAST. Per la previsione della struttura, utilizzare chai o Boltz. Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.
Apri il tuo terminale o strumento da riga di comando (Terminal, iTerm, Windows Terminal, ecc.) Copia ed esegui questo comando: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek Dopo l'installazione, la skill verrà configurata automaticamente nel tuo ambiente AI di coding e sarà pronta all'uso in Claude Code, Cursor o OpenClaw
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills