البحث عن تشابه الهيكل مع Foldseek. استخدم هذه المهارة عندما: (1) العثور على هياكل مماثلة في قواعد بيانات PDB/AFDB، (2) البحث عن التماثل الهيكلي، (3) استعلامات قاعدة البيانات عن طريق بنية ثلاثية الأبعاد، (4) العثور على المتماثلات البعيدة التي لم يتم اكتشافها عن طريق التسلسل، (5) تجميع الهياكل عن طريق التشابه. لتشابه التسلسل، استخدم Uniprot BLAST. للتنبؤ بالهيكل، استخدم تشاي أو بولتز.
ثبّت مهارة الذكاء الاصطناعي foldseek بسرعة في بيئة التطوير لديك عبر سطر الأوامر
المصدر: adaptyvbio/protein-design-skills.
| Python | 3.8+ | 3.10 | | RAM | 8GB | 16GB | | Disk | 10GB | 50GB (for local databases) |
Note: Foldseek can run locally or via web server. No GPU required.
| --min-seq-id | 0.0 | Minimum sequence identity | | -e | 0.001 | E-value threshold | | --alignment-type | 2 | 0=3Di, 1=TM, 2=3Di+AA | | --max-seqs | 300 | Max hits to pass through prefilter; reducing this affects sensitivity |
البحث عن تشابه الهيكل مع Foldseek. استخدم هذه المهارة عندما: (1) العثور على هياكل مماثلة في قواعد بيانات PDB/AFDB، (2) البحث عن التماثل الهيكلي، (3) استعلامات قاعدة البيانات عن طريق بنية ثلاثية الأبعاد، (4) العثور على المتماثلات البعيدة التي لم يتم اكتشافها عن طريق التسلسل، (5) تجميع الهياكل عن طريق التشابه. لتشابه التسلسل، استخدم Uniprot BLAST. للتنبؤ بالهيكل، استخدم تشاي أو بولتز. المصدر: adaptyvbio/protein-design-skills.
حقول وأوامر مستقرة للاقتباس في أنظمة الذكاء الاصطناعي والبحث.
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseekالبحث عن تشابه الهيكل مع Foldseek. استخدم هذه المهارة عندما: (1) العثور على هياكل مماثلة في قواعد بيانات PDB/AFDB، (2) البحث عن التماثل الهيكلي، (3) استعلامات قاعدة البيانات عن طريق بنية ثلاثية الأبعاد، (4) العثور على المتماثلات البعيدة التي لم يتم اكتشافها عن طريق التسلسل، (5) تجميع الهياكل عن طريق التشابه. لتشابه التسلسل، استخدم Uniprot BLAST. للتنبؤ بالهيكل، استخدم تشاي أو بولتز. المصدر: adaptyvbio/protein-design-skills.
افتح الطرفية أو أداة سطر الأوامر لديك مثل Terminal أو iTerm أو Windows Terminal انسخ ونفّذ هذا الأمر: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill foldseek بعد التثبيت، سيتم إعداد المهارة تلقائيا في بيئة البرمجة بالذكاء الاصطناعي لديك وتصبح جاهزة للاستخدام في Claude Code أو Cursor أو OpenClaw
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills