تصنيف تصميم الموثق باستخدام ipSAE (نقاط البروتين من الأخطاء الانحيازية). استخدم هذه المهارة عندما: (1) تصنيف تصميمات المجلدات للاختبار التجريبي، (2) تصفية مخرجات BindCraft أو RFdiffusion، (3) مقارنة تنبؤات AF2/AF3/Boltz، (4) التنبؤ بمعدلات نجاح الربط، (5) الحاجة إلى تصنيف أفضل من ipTM أو iPAE. للتنبؤ بالبنية، استخدم تشاي أو ألفا فولد. لعتبات مراقبة الجودة، استخدم البروتين لمراقبة الجودة.
ثبّت مهارة الذكاء الاصطناعي ipsae بسرعة في بيئة التطوير لديك عبر سطر الأوامر
المصدر: adaptyvbio/protein-design-skills.
| Python | 3.8+ | 3.10 | | NumPy | 1.20+ | Latest | | RAM | 8GB | 16GB |
ipSAE (interprotein Score from Aligned Errors) is a scoring function for ranking protein-protein interactions predicted by AlphaFold2, AlphaFold3, and Boltz1. It outperforms ipTM and iPAE for binder design ranking with 1.4x higher precision in identifying true binders.
| PAE file | JSON (AF2/AF3) or NPZ (Boltz) | Match predictor | | Structure file | PDB or CIF structure | Match PAE | | PAE cutoff | Threshold for contacts | 10-15 | | Distance cutoff | Max CA-CA distance (A) | 10-15 |
تصنيف تصميم الموثق باستخدام ipSAE (نقاط البروتين من الأخطاء الانحيازية). استخدم هذه المهارة عندما: (1) تصنيف تصميمات المجلدات للاختبار التجريبي، (2) تصفية مخرجات BindCraft أو RFdiffusion، (3) مقارنة تنبؤات AF2/AF3/Boltz، (4) التنبؤ بمعدلات نجاح الربط، (5) الحاجة إلى تصنيف أفضل من ipTM أو iPAE. للتنبؤ بالبنية، استخدم تشاي أو ألفا فولد. لعتبات مراقبة الجودة، استخدم البروتين لمراقبة الجودة. المصدر: adaptyvbio/protein-design-skills.
حقول وأوامر مستقرة للاقتباس في أنظمة الذكاء الاصطناعي والبحث.
npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill ipsaeتصنيف تصميم الموثق باستخدام ipSAE (نقاط البروتين من الأخطاء الانحيازية). استخدم هذه المهارة عندما: (1) تصنيف تصميمات المجلدات للاختبار التجريبي، (2) تصفية مخرجات BindCraft أو RFdiffusion، (3) مقارنة تنبؤات AF2/AF3/Boltz، (4) التنبؤ بمعدلات نجاح الربط، (5) الحاجة إلى تصنيف أفضل من ipTM أو iPAE. للتنبؤ بالبنية، استخدم تشاي أو ألفا فولد. لعتبات مراقبة الجودة، استخدم البروتين لمراقبة الجودة. المصدر: adaptyvbio/protein-design-skills.
افتح الطرفية أو أداة سطر الأوامر لديك مثل Terminal أو iTerm أو Windows Terminal انسخ ونفّذ هذا الأمر: npx skills add https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills --skill ipsae بعد التثبيت، سيتم إعداد المهارة تلقائيا في بيئة البرمجة بالذكاء الاصطناعي لديك وتصبح جاهزة للاستخدام في Claude Code أو Cursor أو OpenClaw
https://github.com/adaptyvbio/protein-design-skills