protein-design-workflow

| RFdiffusion | A10G | 30 min | | ProteinMPNN | T4 | 15 min | | ColabFold | A100 | 4-8 hours | | Filtering | CPU | 15 min |

| Low ipTM | Check hotspots, increase designs | | Poor diversity | Higher temperature, more backbones | | High scRMSD | Backbone may be unusual | | Low pLDDT | Check design quality |

Guida end-to-end per le pipeline di progettazione delle proteine. Utilizzare questa competenza quando: (1) si avvia un nuovo progetto di progettazione di proteine, (2) è necessaria una guida passo passo sul flusso di lavoro, (3) si comprende l'intera pipeline di progettazione, (4) si pianificano risorse di calcolo e tempistiche, (5) si integrano più strumenti di progettazione. Per la selezione dello strumento, utilizzare il design del raccoglitore. Per le soglie QC, utilizzare proteina-qc. Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.