空間多組學資料整合的計算分析架構。給定來自空間轉錄組學/蛋白質組學實驗（10x Visium、MERFISH、DBiTplus、SLIDE-seq 等）的空間可變基因 (SVG)、空間域註釋、組織類型和疾病背景，執行全面的生物學解釋，包括通路富集、細胞間相互作用推斷、可藥物標靶識別、免疫微環境標靶表徵和多模式。產生詳細的降價報告，其中包含空間組學整合分數 (0-100)、逐個領域的表徵和驗證建議。在 9 個分析階段使用 70 多個 ToolUniverse 工具。當使用者詢問空間轉錄組學分析、空間組學解釋、組織異質性、空間基因表現模式、腫瘤微環境繪圖、組織分區或空間資料的細胞間通訊時使用。
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來源：mims-harvard/tooluniverse。
Comprehensive biological interpretation of spatial omics data. Transforms spatially variable genes (SVGs), domain annotations, and tissue context into actionable biological insights covering pathway enrichment, cell-cell interactions, druggable targets, immune microenvironment, and multi-modal integration.
| svgs | Yes | Spatially variable genes (gene symbols) | ['EGFR', 'CDH1', 'VIM', 'MYC', 'CD3E'] | | tissuetype | Yes | Tissue/organ type | brain, liver, lung, breast, skin | | technology | No | Spatial omics platform used | 10x Visium, MERFISH, DBiTplus, SLIDE-seq |
| diseasecontext | No | Disease if applicable | breast cancer, Alzheimer disease, liver cirrhosis | | spatialdomains | No | Dict mapping domain name to marker genes | {'Tumor core': ['MYC','EGFR'], 'Stroma': ['VIM','COL1A1']} | | celltypes | No | Cell types identified in deconvolution | ['Epithelial', 'T cell', 'Macrophage', 'Fibroblast'] |
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npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis空間多組學資料整合的計算分析架構。給定來自空間轉錄組學/蛋白質組學實驗（10x Visium、MERFISH、DBiTplus、SLIDE-seq 等）的空間可變基因 (SVG)、空間域註釋、組織類型和疾病背景，執行全面的生物學解釋，包括通路富集、細胞間相互作用推斷、可藥物標靶識別、免疫微環境標靶表徵和多模式。產生詳細的降價報告，其中包含空間組學整合分數 (0-100)、逐個領域的表徵和驗證建議。在 9 個分析階段使用 70 多個 ToolUniverse 工具。當使用者詢問空間轉錄組學分析、空間組學解釋、組織異質性、空間基因表現模式、腫瘤微環境繪圖、組織分區或空間資料的細胞間通訊時使用。 來源：mims-harvard/tooluniverse。
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