·tooluniverse-spatial-omics-analysis
{}

tooluniverse-spatial-omics-analysis

Структура вычислительного анализа для пространственной интеграции мультиомных данных. Учитывая пространственно-вариабельные гены (SVG), аннотации пространственных доменов, тип ткани и контекст заболевания из экспериментов по пространственной транскриптомике/протеомике (10x Visium, MERFISH, DBITplus, SLIDE-seq и т. д.), выполняет комплексную биологическую интерпретацию, включая обогащение путей, вывод межклеточного взаимодействия, идентификацию мишени, поддающейся лекарственному воздействию, характеристику иммунного микроокружения и мультимодальную интеграцию. Создает подробный отчет об уценке с оценкой интеграции Spatial Omics (0–100), характеристикой каждого домена и рекомендациями по проверке. Использует более 70 инструментов ToolUniverse на 9 этапах анализа. Используйте, когда пользователи спрашивают об анализе пространственной транскриптомики, интерпретации пространственной омики, гетерогенности тканей, закономерностях пространственной экспрессии генов, картировании микроокружения опухоли, зонировании ткани или межклеточной коммуникации на основе пространственных данных.

95Установки·2Тренд·@mims-harvard

Установка

$npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis

Как установить tooluniverse-spatial-omics-analysis

Быстро установите AI-навык tooluniverse-spatial-omics-analysis в вашу среду разработки через командную строку

  1. Откройте терминал: Откройте терминал или инструмент командной строки (Terminal, iTerm, Windows Terminal и т.д.)
  2. Выполните команду установки: Скопируйте и выполните эту команду: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis
  3. Проверьте установку: После установки навык будет автоматически настроен в вашей AI-среде разработки и готов к использованию в Claude Code, Cursor или OpenClaw

Источник: mims-harvard/tooluniverse.

Comprehensive biological interpretation of spatial omics data. Transforms spatially variable genes (SVGs), domain annotations, and tissue context into actionable biological insights covering pathway enrichment, cell-cell interactions, druggable targets, immune microenvironment, and multi-modal integration.

| svgs | Yes | Spatially variable genes (gene symbols) | ['EGFR', 'CDH1', 'VIM', 'MYC', 'CD3E'] | | tissuetype | Yes | Tissue/organ type | brain, liver, lung, breast, skin | | technology | No | Spatial omics platform used | 10x Visium, MERFISH, DBiTplus, SLIDE-seq |

| diseasecontext | No | Disease if applicable | breast cancer, Alzheimer disease, liver cirrhosis | | spatialdomains | No | Dict mapping domain name to marker genes | {'Tumor core': ['MYC','EGFR'], 'Stroma': ['VIM','COL1A1']} | | celltypes | No | Cell types identified in deconvolution | ['Epithelial', 'T cell', 'Macrophage', 'Fibroblast'] |

Факты (для цитирования)

Стабильные поля и команды для ссылок в AI/поиске.

Команда установки
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis
Категория
{}Аналитика
Проверено
Впервые замечено
2026-02-20
Обновлено
2026-03-10

Browse more skills from mims-harvard/tooluniverse

Короткие ответы

Что такое tooluniverse-spatial-omics-analysis?

Структура вычислительного анализа для пространственной интеграции мультиомных данных. Учитывая пространственно-вариабельные гены (SVG), аннотации пространственных доменов, тип ткани и контекст заболевания из экспериментов по пространственной транскриптомике/протеомике (10x Visium, MERFISH, DBITplus, SLIDE-seq и т. д.), выполняет комплексную биологическую интерпретацию, включая обогащение путей, вывод межклеточного взаимодействия, идентификацию мишени, поддающейся лекарственному воздействию, характеристику иммунного микроокружения и мультимодальную интеграцию. Создает подробный отчет об уценке с оценкой интеграции Spatial Omics (0–100), характеристикой каждого домена и рекомендациями по проверке. Использует более 70 инструментов ToolUniverse на 9 этапах анализа. Используйте, когда пользователи спрашивают об анализе пространственной транскриптомики, интерпретации пространственной омики, гетерогенности тканей, закономерностях пространственной экспрессии генов, картировании микроокружения опухоли, зонировании ткани или межклеточной коммуникации на основе пространственных данных. Источник: mims-harvard/tooluniverse.

Как установить tooluniverse-spatial-omics-analysis?

Откройте терминал или инструмент командной строки (Terminal, iTerm, Windows Terminal и т.д.) Скопируйте и выполните эту команду: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis После установки навык будет автоматически настроен в вашей AI-среде разработки и готов к использованию в Claude Code, Cursor или OpenClaw

Где находится исходный репозиторий?

https://github.com/mims-harvard/tooluniverse