·tooluniverse-spatial-omics-analysis
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tooluniverse-spatial-omics-analysis

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mims-harvard/tooluniverseGitHub: mims-harvard/tooluniverseQuelle: mims-harvard/tooluniverse

Computergestütztes Analyse-Framework für die räumliche Multi-Omics-Datenintegration. Anhand räumlich variabler Gene (SVGs), räumlicher Domänenanmerkungen, Gewebetyp und Krankheitskontext aus räumlichen Transkriptomik-/Proteomik-Experimenten (10x Visium, MERFISH, DBiTplus, SLIDE-seq usw.) wird eine umfassende biologische Interpretation durchgeführt, einschließlich Signalweganreicherung, Inferenz von Zell-Zell-Interaktionen, Identifizierung von medikamentösen Zielen, Charakterisierung der Immunmikroumgebung und multimodaler Integration. Erstellt einen detaillierten Markdown-Bericht mit Spatial Omics Integration Score (0–100), domänenspezifischer Charakterisierung und Validierungsempfehlungen. Verwendet über 70 ToolUniverse-Tools in 9 Analysephasen. Wird verwendet, wenn Benutzer nach räumlicher Transkriptomanalyse, räumlicher Omics-Interpretation, Gewebeheterogenität, räumlichen Genexpressionsmustern, Kartierung der Tumormikroumgebung, Gewebezonierung oder Zell-Zell-Kommunikation aus räumlichen Daten fragen.

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Installation

GitHub: mims-harvard/tooluniverse
$npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis

So installieren Sie tooluniverse-spatial-omics-analysis

Installieren Sie den KI-Skill tooluniverse-spatial-omics-analysis schnell in Ihrer Entwicklungsumgebung über die Kommandozeile

  1. Terminal öffnen: Öffnen Sie Ihr Terminal oder Kommandozeilen-Tool (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.)
  2. Installationsbefehl ausführen: Kopieren Sie diesen Befehl und führen Sie ihn aus: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis
  3. Installation überprüfen: Nach der Installation wird der Skill automatisch in Ihrer KI-Programmierumgebung konfiguriert und ist bereit zur Verwendung in Claude Code, Cursor oder OpenClaw

Quelle: mims-harvard/tooluniverse.

SKILL.md

Original anzeigen

Comprehensive biological interpretation of spatial omics data. Transforms spatially variable genes (SVGs), domain annotations, and tissue context into actionable biological insights covering pathway enrichment, cell-cell interactions, druggable targets, immune microenvironment, and multi-modal integration.

| svgs | Yes | Spatially variable genes (gene symbols) | ['EGFR', 'CDH1', 'VIM', 'MYC', 'CD3E'] | | tissuetype | Yes | Tissue/organ type | brain, liver, lung, breast, skin | | technology | No | Spatial omics platform used | 10x Visium, MERFISH, DBiTplus, SLIDE-seq |

| diseasecontext | No | Disease if applicable | breast cancer, Alzheimer disease, liver cirrhosis | | spatialdomains | No | Dict mapping domain name to marker genes | {'Tumor core': ['MYC','EGFR'], 'Stroma': ['VIM','COL1A1']} | | celltypes | No | Cell types identified in deconvolution | ['Epithelial', 'T cell', 'Macrophage', 'Fibroblast'] |

Fakten (zitierbereit)

Stabile Felder und Befehle für KI/Such-Zitate.

Installationsbefehl
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis
Quelle
mims-harvard/tooluniverse
Kategorie
{}Datenanalyse
Verifiziert
✓
Erstes Auftreten
2026-02-20
Aktualisiert
2026-03-11
URL
https://www.learn-skills.dev/de/skills/mims-harvard/tooluniverse/tooluniverse-spatial-omics-analysis

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Schnelle Antworten

Was ist tooluniverse-spatial-omics-analysis?

Computergestütztes Analyse-Framework für die räumliche Multi-Omics-Datenintegration. Anhand räumlich variabler Gene (SVGs), räumlicher Domänenanmerkungen, Gewebetyp und Krankheitskontext aus räumlichen Transkriptomik-/Proteomik-Experimenten (10x Visium, MERFISH, DBiTplus, SLIDE-seq usw.) wird eine umfassende biologische Interpretation durchgeführt, einschließlich Signalweganreicherung, Inferenz von Zell-Zell-Interaktionen, Identifizierung von medikamentösen Zielen, Charakterisierung der Immunmikroumgebung und multimodaler Integration. Erstellt einen detaillierten Markdown-Bericht mit Spatial Omics Integration Score (0–100), domänenspezifischer Charakterisierung und Validierungsempfehlungen. Verwendet über 70 ToolUniverse-Tools in 9 Analysephasen. Wird verwendet, wenn Benutzer nach räumlicher Transkriptomanalyse, räumlicher Omics-Interpretation, Gewebeheterogenität, räumlichen Genexpressionsmustern, Kartierung der Tumormikroumgebung, Gewebezonierung oder Zell-Zell-Kommunikation aus räumlichen Daten fragen. Quelle: mims-harvard/tooluniverse.

Wie installiere ich tooluniverse-spatial-omics-analysis?

Öffnen Sie Ihr Terminal oder Kommandozeilen-Tool (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Kopieren Sie diesen Befehl und führen Sie ihn aus: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis Nach der Installation wird der Skill automatisch in Ihrer KI-Programmierumgebung konfiguriert und ist bereit zur Verwendung in Claude Code, Cursor oder OpenClaw

Wo ist das Quell-Repository?

https://github.com/mims-harvard/tooluniverse

Details

Kategorie
{}Datenanalyse
Quelle
skills.sh
Erstes Auftreten
2026-02-20

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