proteinmpnn

| Python | 3.8+ | 3.10 | | CUDA | 11.0+ | 11.7+ | | GPU VRAM | 8GB | 16GB (T4) | | RAM | 8GB | 16GB |

First time? See Installation Guide to set up Modal and biomodals.

| --pdbpath | required | path | Single PDB input | | --pdbpathchains | all | A,B | Chains to design (comma-sep) | | --outfolder | required | path | Output directory | | --numseqpertarget | 1 | 1-1000 | Sequences per structure | | --samplingtemp | "0.1" | "0.0001-1.0" | Temperature (string!) | | --seed | 0 | int | Random seed |

Спроектируйте белковые последовательности, используя обратное сворачивание ProteinMPNN. Используйте этот навык, когда: (1) проектируете последовательности для остовов RF-диффузии, (2) меняете существующие белковые последовательности, (3) фиксируете определенные остатки при проектировании других, (4) оптимизируете последовательности для экспрессии или стабильности, (5) многосостоятельный или негативный дизайн. Для генерации магистральной сети используйте RFDiffusion или Bindcraft. Для дизайна с учетом лигандов используйте ligandmpnn. Для оптимизации растворимости используйте solvempnn. Источник: adaptyvbio/protein-design-skills.