proteinmpnn

| Python | 3.8+ | 3.10 | | CUDA | 11.0+ | 11.7+ | | GPU VRAM | 8GB | 16GB (T4) | | RAM | 8GB | 16GB |

First time? See Installation Guide to set up Modal and biomodals.

| --pdbpath | required | path | Single PDB input | | --pdbpathchains | all | A,B | Chains to design (comma-sep) | | --outfolder | required | path | Output directory | | --numseqpertarget | 1 | 1-1000 | Sequences per structure | | --samplingtemp | "0.1" | "0.0001-1.0" | Temperature (string!) | | --seed | 0 | int | Random seed |

Progetta sequenze proteiche utilizzando il ripiegamento inverso ProteinMPNN. Utilizzare questa abilità quando: (1) Progettare sequenze per dorsali di diffusione RF, (2) Riprogettare sequenze proteiche esistenti, (3) Fissare residui specifici durante la progettazione di altri, (4) Ottimizzare sequenze per espressione o stabilità, (5) Progettazione multistato o negativa. Per la generazione del backbone, utilizzare rfdiffusion o bindcraft. Per una progettazione che riconosce i ligandi, utilizzare ligandmpnn. Per l'ottimizzazione della solubilità, utilizzare solubilimpnn. Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.