proteinmpnn

SKILL.md

| Python | 3.8+ | 3.10 | | CUDA | 11.0+ | 11.7+ | | GPU VRAM | 8GB | 16GB (T4) | | RAM | 8GB | 16GB |

First time? See Installation Guide to set up Modal and biomodals.

| --pdbpath | required | path | Single PDB input | | --pdbpathchains | all | A,B | Chains to design (comma-sep) | | --outfolder | required | path | Output directory | | --numseqpertarget | 1 | 1-1000 | Sequences per structure | | --samplingtemp | "0.1" | "0.0001-1.0" | Temperature (string!) | | --seed | 0 | int | Random seed |

ProteinMPNN 逆フォールディングを使用してタンパク質配列を設計します。このスキルは、(1) RF 拡散バックボーンの配列を設計する、(2) 既存のタンパク質配列を再設計する、(3) 他の残基を設計しながら特定の残基を固定する、(4) 発現または安定性のために配列を最適化する、(5) マルチステートまたはネガティブ設計の場合に使用します。 バックボーンの生成には、rfdiffusion または bindingcraft を使用します。リガンドを意識した設計の場合は、ligandmpnn を使用します。溶解度の最適化には、solublicmpnn を使用します。 ソース: adaptyvbio/protein-design-skills。

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