空間トランスクリプトミクス データを分析して、組織構造における遺伝子発現をマッピングします。 10x Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seq、およびイメージングベースのプラットフォームをサポートします。空間クラスタリング、ドメイン識別、細胞間近接解析、空間遺伝子発現パターン、組織構造マッピング、および単一細胞データとの統合を実行します。空間トランスクリプトミクス データセットの分析、組織組織の研究、空間発現パターンの特定、組織状況における細胞間相互作用のマッピング、腫瘍微小環境の空間構造の特徴付け、包括的な組織分析のための空間データと単一細胞 RNA-seq データの統合を行う場合に使用します。
コマンドラインで tooluniverse-spatial-transcriptomics AI スキルを開発環境にすばやくインストール
ソース: mims-harvard/tooluniverse。
Comprehensive analysis of spatially-resolved transcriptomics data to understand gene expression patterns in tissue architecture context. Combines expression profiling with spatial coordinates to reveal tissue organization, cell-cell interactions, and spatially variable genes.
| Data Import | 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq, STARmap, Xenium formats | | Quality Control | Spot/cell QC, spatial alignment verification, tissue coverage | | Normalization | Spatial-aware normalization accounting for tissue heterogeneity | | Spatial Clustering | Identify spatial domains with similar expression profiles |
| Spatial Variable Genes | Find genes with non-random spatial patterns | | Neighborhood Analysis | Cell-cell proximity, spatial neighborhoods, niche identification | | Spatial Patterns | Gradients, boundaries, hotspots, expression waves | | Integration | Merge with scRNA-seq for cell type mapping |
AI/検索での引用用の安定したフィールドとコマンド。
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics空間トランスクリプトミクス データを分析して、組織構造における遺伝子発現をマッピングします。 10x Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seq、およびイメージングベースのプラットフォームをサポートします。空間クラスタリング、ドメイン識別、細胞間近接解析、空間遺伝子発現パターン、組織構造マッピング、および単一細胞データとの統合を実行します。空間トランスクリプトミクス データセットの分析、組織組織の研究、空間発現パターンの特定、組織状況における細胞間相互作用のマッピング、腫瘍微小環境の空間構造の特徴付け、包括的な組織分析のための空間データと単一細胞 RNA-seq データの統合を行う場合に使用します。 ソース: mims-harvard/tooluniverse。
ターミナルまたはコマンドラインツール（Terminal、iTerm、Windows Terminal など）を開きます このコマンドをコピーして実行します: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics インストール後、スキルは自動的に AI コーディング環境に設定され、Claude Code、Cursor、OpenClaw で使用できるようになります
https://github.com/mims-harvard/tooluniverse