分析空間轉錄組資料以繪製組織結構中的基因表現圖。支援 10x Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seq 和基於成像的平台。執行空間聚類、域識別、細胞間鄰近分析、空間基因表現模式、組織結構映射以及與單細胞資料的整合。在分析空間轉錄組資料集、研究組織組織、識別空間表達模式、繪製組織環境中的細胞-細胞相互作用、表徵腫瘤微環境空間結構或整合空間和單細胞 RNA-seq 資料以進行全面組織分析時使用。
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來源：mims-harvard/tooluniverse。
Comprehensive analysis of spatially-resolved transcriptomics data to understand gene expression patterns in tissue architecture context. Combines expression profiling with spatial coordinates to reveal tissue organization, cell-cell interactions, and spatially variable genes.
| Data Import | 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq, STARmap, Xenium formats | | Quality Control | Spot/cell QC, spatial alignment verification, tissue coverage | | Normalization | Spatial-aware normalization accounting for tissue heterogeneity | | Spatial Clustering | Identify spatial domains with similar expression profiles |
| Spatial Variable Genes | Find genes with non-random spatial patterns | | Neighborhood Analysis | Cell-cell proximity, spatial neighborhoods, niche identification | | Spatial Patterns | Gradients, boundaries, hotspots, expression waves | | Integration | Merge with scRNA-seq for cell type mapping |
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npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics分析空間轉錄組資料以繪製組織結構中的基因表現圖。支援 10x Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seq 和基於成像的平台。執行空間聚類、域識別、細胞間鄰近分析、空間基因表現模式、組織結構映射以及與單細胞資料的整合。在分析空間轉錄組資料集、研究組織組織、識別空間表達模式、繪製組織環境中的細胞-細胞相互作用、表徵腫瘤微環境空間結構或整合空間和單細胞 RNA-seq 資料以進行全面組織分析時使用。 來源：mims-harvard/tooluniverse。
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