·tooluniverse-spatial-transcriptomics
{}

tooluniverse-spatial-transcriptomics

Analizar datos de transcriptómica espacial para mapear la expresión genética en la arquitectura de tejidos. Admite 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq y plataformas basadas en imágenes. Realiza agrupación espacial, identificación de dominios, análisis de proximidad entre células, patrones de expresión genética espacial, mapeo de arquitectura tisular e integración con datos unicelulares. Úselo al analizar conjuntos de datos de transcriptómica espacial, estudiar la organización de tejidos, identificar patrones de expresión espacial, mapear interacciones célula-célula en el contexto del tejido, caracterizar la estructura espacial del microambiente tumoral o integrar datos de secuencias de ARN espaciales y unicelulares para un análisis integral de tejidos.

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Instalación

$npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics

Cómo instalar tooluniverse-spatial-transcriptomics

Instala rápidamente el skill de IA tooluniverse-spatial-transcriptomics en tu entorno de desarrollo mediante línea de comandos

  1. Abrir Terminal: Abre tu terminal o herramienta de línea de comandos (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.)
  2. Ejecutar comando de instalación: Copia y ejecuta este comando: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics
  3. Verificar instalación: Una vez instalado, el skill se configurará automáticamente en tu entorno de programación con IA y estará listo para usar en Claude Code, Cursor u OpenClaw

Fuente: mims-harvard/tooluniverse.

SKILL.md

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Comprehensive analysis of spatially-resolved transcriptomics data to understand gene expression patterns in tissue architecture context. Combines expression profiling with spatial coordinates to reveal tissue organization, cell-cell interactions, and spatially variable genes.

| Data Import | 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq, STARmap, Xenium formats | | Quality Control | Spot/cell QC, spatial alignment verification, tissue coverage | | Normalization | Spatial-aware normalization accounting for tissue heterogeneity | | Spatial Clustering | Identify spatial domains with similar expression profiles |

| Spatial Variable Genes | Find genes with non-random spatial patterns | | Neighborhood Analysis | Cell-cell proximity, spatial neighborhoods, niche identification | | Spatial Patterns | Gradients, boundaries, hotspots, expression waves | | Integration | Merge with scRNA-seq for cell type mapping |

Datos (listos para citar)

Campos y comandos estables para citas de IA/búsqueda.

Comando de instalación
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics
Categoría
{}Análisis de Datos
Verificado
Primera vez visto
2026-02-20
Actualizado
2026-03-11

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Respuestas rápidas

¿Qué es tooluniverse-spatial-transcriptomics?

Analizar datos de transcriptómica espacial para mapear la expresión genética en la arquitectura de tejidos. Admite 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq y plataformas basadas en imágenes. Realiza agrupación espacial, identificación de dominios, análisis de proximidad entre células, patrones de expresión genética espacial, mapeo de arquitectura tisular e integración con datos unicelulares. Úselo al analizar conjuntos de datos de transcriptómica espacial, estudiar la organización de tejidos, identificar patrones de expresión espacial, mapear interacciones célula-célula en el contexto del tejido, caracterizar la estructura espacial del microambiente tumoral o integrar datos de secuencias de ARN espaciales y unicelulares para un análisis integral de tejidos. Fuente: mims-harvard/tooluniverse.

¿Cómo instalo tooluniverse-spatial-transcriptomics?

Abre tu terminal o herramienta de línea de comandos (Terminal, iTerm, Windows Terminal, etc.) Copia y ejecuta este comando: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics Una vez instalado, el skill se configurará automáticamente en tu entorno de programación con IA y estará listo para usar en Claude Code, Cursor u OpenClaw

¿Dónde está el repositorio de origen?

https://github.com/mims-harvard/tooluniverse