공간 전사체학 데이터를 분석하여 조직 구조의 유전자 발현을 매핑합니다. 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq 및 이미징 기반 플랫폼을 지원합니다. 공간 클러스터링, 도메인 식별, 세포-세포 근접성 분석, 공간 유전자 발현 패턴, 조직 구조 매핑 및 단일 세포 데이터와의 통합을 수행합니다. 공간 전사체학 데이터 세트 분석, 조직 구성 연구, 공간 발현 패턴 식별, 조직 맥락에서 세포-세포 상호 작용 매핑, 종양 미세환경 공간 구조 특성화 또는 포괄적인 조직 분석을 위한 공간 및 단일 세포 RNA-seq 데이터 통합 시 사용합니다.
명령줄에서 tooluniverse-spatial-transcriptomics AI 스킬을 개발 환경에 빠르게 설치
출처: mims-harvard/tooluniverse.
Comprehensive analysis of spatially-resolved transcriptomics data to understand gene expression patterns in tissue architecture context. Combines expression profiling with spatial coordinates to reveal tissue organization, cell-cell interactions, and spatially variable genes.
| Data Import | 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq, STARmap, Xenium formats | | Quality Control | Spot/cell QC, spatial alignment verification, tissue coverage | | Normalization | Spatial-aware normalization accounting for tissue heterogeneity | | Spatial Clustering | Identify spatial domains with similar expression profiles |
| Spatial Variable Genes | Find genes with non-random spatial patterns | | Neighborhood Analysis | Cell-cell proximity, spatial neighborhoods, niche identification | | Spatial Patterns | Gradients, boundaries, hotspots, expression waves | | Integration | Merge with scRNA-seq for cell type mapping |
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npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics공간 전사체학 데이터를 분석하여 조직 구조의 유전자 발현을 매핑합니다. 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq 및 이미징 기반 플랫폼을 지원합니다. 공간 클러스터링, 도메인 식별, 세포-세포 근접성 분석, 공간 유전자 발현 패턴, 조직 구조 매핑 및 단일 세포 데이터와의 통합을 수행합니다. 공간 전사체학 데이터 세트 분석, 조직 구성 연구, 공간 발현 패턴 식별, 조직 맥락에서 세포-세포 상호 작용 매핑, 종양 미세환경 공간 구조 특성화 또는 포괄적인 조직 분석을 위한 공간 및 단일 세포 RNA-seq 데이터 통합 시 사용합니다. 출처: mims-harvard/tooluniverse.
터미널 또는 명령줄 도구(Terminal, iTerm, Windows Terminal 등)를 엽니다 이 명령어를 복사하여 실행합니다: npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse --skill tooluniverse-spatial-transcriptomics 설치 후 스킬은 자동으로 AI 코딩 환경에 설정되어 Claude Code, Cursor, OpenClaw에서 사용할 수 있습니다
https://github.com/mims-harvard/tooluniverse