分析空间转录组数据以绘制组织结构中的基因表达图。支持 10x Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seq 和基于成像的平台。执行空间聚类、域识别、细胞间邻近分析、空间基因表达模式、组织结构映射以及与单细胞数据的集成。在分析空间转录组数据集、研究组织组织、识别空间表达模式、绘制组织环境中的细胞-细胞相互作用、表征肿瘤微环境空间结构或整合空间和单细胞 RNA-seq 数据以进行全面组织分析时使用。
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来源：mims-harvard/tooluniverse。
Comprehensive analysis of spatially-resolved transcriptomics data to understand gene expression patterns in tissue architecture context. Combines expression profiling with spatial coordinates to reveal tissue organization, cell-cell interactions, and spatially variable genes.
| Data Import | 10x Visium, MERFISH, seqFISH, Slide-seq, STARmap, Xenium formats | | Quality Control | Spot/cell QC, spatial alignment verification, tissue coverage | | Normalization | Spatial-aware normalization accounting for tissue heterogeneity | | Spatial Clustering | Identify spatial domains with similar expression profiles |
| Spatial Variable Genes | Find genes with non-random spatial patterns | | Neighborhood Analysis | Cell-cell proximity, spatial neighborhoods, niche identification | | Spatial Patterns | Gradients, boundaries, hotspots, expression waves | | Integration | Merge with scRNA-seq for cell type mapping |
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