tooluniverse-multi-omics-integration

Coordinate and integrate multiple omics datasets for comprehensive systems biology analysis. This skill orchestrates specialized ToolUniverse skills to perform cross-omics correlation, multi-omics clustering, pathway-level integration, and unified interpretation across molecular layers.

| Data Integration | Match samples across omics, handle missing data, normalize scales | | Cross-Omics Correlation | Correlate features across molecular layers (gene expression vs protein, methylation vs expression) | | Multi-Omics Clustering | MOFA+, NMF, joint clustering to identify omics-driven subtypes |

| Pathway Integration | Combine omics evidence at pathway level for unified biological interpretation | | Biomarker Discovery | Identify multi-omics signatures with improved predictive power | | Skill Coordination | Orchestrate RNA-seq, epigenomics, variant-analysis, protein-interactions, gene-enrichment skills |

システム生物学と精密医療のために、複数のオミクス データセット (トランスクリプトミクス、プロテオミクス、エピゲノミクス、ゲノミクス、メタボロミクス) を統合して分析します。クロスオミクス相関、マルチオミクス クラスタリング (MOFA+、NMF)、経路レベルの統合、およびサンプル マッチングを実行します。発現データ (RNA-seq)、エピゲノミクス (メチル化、ChIP-seq)、バリアント (SNV、CNV)、タンパク質相互作用、および経路濃縮に関する ToolUniverse スキルを調整します。マルチオミクス データセットの分析、統合分析の実行、マルチオミクス バイオマーカーの発見、分子層にわたる疾患メカニズムの研究、またはトランスクリプトーム、ゲノム、エピゲノム、プロテオーム、メタボローム データの連携分析が必要なシステム生物学研究の実施に使用します。 ソース: mims-harvard/tooluniverse。