tooluniverse-multi-omics-integration

Coordinate and integrate multiple omics datasets for comprehensive systems biology analysis. This skill orchestrates specialized ToolUniverse skills to perform cross-omics correlation, multi-omics clustering, pathway-level integration, and unified interpretation across molecular layers.

| Data Integration | Match samples across omics, handle missing data, normalize scales | | Cross-Omics Correlation | Correlate features across molecular layers (gene expression vs protein, methylation vs expression) | | Multi-Omics Clustering | MOFA+, NMF, joint clustering to identify omics-driven subtypes |

| Pathway Integration | Combine omics evidence at pathway level for unified biological interpretation | | Biomarker Discovery | Identify multi-omics signatures with improved predictive power | | Skill Coordination | Orchestrate RNA-seq, epigenomics, variant-analysis, protein-interactions, gene-enrichment skills |

Intégrez et analysez plusieurs ensembles de données omiques (transcriptomique, protéomique, épigénomique, génomique, métabolomique) pour la biologie des systèmes et la médecine de précision. Effectue une corrélation croisée-omique, un clustering multi-omique (MOFA+, NMF), une intégration au niveau de la voie et une correspondance d'échantillons. Coordonne les compétences de ToolUniverse pour les données d'expression (RNA-seq), l'épigénomique (méthylation, ChIP-seq), les variantes (SNV, CNV), les interactions protéiques et l'enrichissement des voies. À utiliser pour analyser des ensembles de données multi-omiques, effectuer une analyse intégrative, découvrir des biomarqueurs multi-omiques, étudier les mécanismes de maladies à travers les couches moléculaires ou mener des recherches en biologie des systèmes qui nécessitent une analyse coordonnée des données du transcriptome, du génome, de l'épigénome, du protéome et du métabolome. Source : mims-harvard/tooluniverse.