tooluniverse-multi-omics-integration

Coordinate and integrate multiple omics datasets for comprehensive systems biology analysis. This skill orchestrates specialized ToolUniverse skills to perform cross-omics correlation, multi-omics clustering, pathway-level integration, and unified interpretation across molecular layers.

| Data Integration | Match samples across omics, handle missing data, normalize scales | | Cross-Omics Correlation | Correlate features across molecular layers (gene expression vs protein, methylation vs expression) | | Multi-Omics Clustering | MOFA+, NMF, joint clustering to identify omics-driven subtypes |

| Pathway Integration | Combine omics evidence at pathway level for unified biological interpretation | | Biomarker Discovery | Identify multi-omics signatures with improved predictive power | | Skill Coordination | Orchestrate RNA-seq, epigenomics, variant-analysis, protein-interactions, gene-enrichment skills |

Integra e analizza più set di dati omici (trascrittomica, proteomica, epigenomica, genomica, metabolomica) per la biologia dei sistemi e la medicina di precisione. Esegue la correlazione cross-omica, il clustering multi-omico (MOFA+, NMF), l'integrazione a livello di percorso e la corrispondenza dei campioni. Coordina le competenze di ToolUniverse per dati di espressione (RNA-seq), epigenomica (metilazione, ChIP-seq), varianti (SNV, CNV), interazioni proteiche e arricchimento del percorso. Da utilizzare durante l'analisi di set di dati multi-omici, l'esecuzione di analisi integrative, la scoperta di biomarcatori multi-omici, lo studio dei meccanismi della malattia attraverso strati molecolari o la conduzione di ricerche di biologia dei sistemi che richiedono l'analisi coordinata di dati di trascrittoma, genoma, epigenoma, proteoma e metaboloma. Fonte: mims-harvard/tooluniverse.