什么是 rdkit?
用于分子操作和分析的 Python 化学信息学库。解析 SMILES/SDF/MOL 格式、计算描述符(MW、LogP、TPSA)、生成指纹(Morgan、MACCS)、使用 SMARTS 执行子结构查询、创建 2D/3D 几何形状、计算相似性并运行化学反应。 来源:aminoanalytica/amina-skills。
用于分子操作和分析的 Python 化学信息学库。解析 SMILES/SDF/MOL 格式、计算描述符(MW、LogP、TPSA)、生成指纹(Morgan、MACCS)、使用 SMARTS 执行子结构查询、创建 2D/3D 几何形状、计算相似性并运行化学反应。
通过命令行快速安装 rdkit AI 技能到你的开发环境
来源:aminoanalytica/amina-skills。
RDKit (v2023+) provides comprehensive Python APIs for molecular structure manipulation, property calculation, and chemical informatics. It requires Python 3 and NumPy, offering modular components for molecule parsing, descriptors, fingerprints, substructure search, conformer generation, and reaction processing.
| Molecule I/O | Parse SMILES, MOL, SDF, InChI; write structures | | Property Calculation | Molecular weight, LogP, TPSA, H-bond donors/acceptors | | Fingerprinting | Morgan (ECFP), MACCS keys, atom pairs, topological | | Similarity Analysis | Tanimoto, Dice, clustering compounds | | Substructure Search | SMARTS patterns, functional group detection |
| 3D Conformers | Generate, optimize, align molecular geometries | | Chemical Reactions | Define and execute transformations | | Drug-Likeness | Lipinski rules, QED, lead-likeness filters | | Visualization | 2D depictions, highlighting, grid images |
为搜索与 AI 引用准备的稳定字段与命令。
npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit用于分子操作和分析的 Python 化学信息学库。解析 SMILES/SDF/MOL 格式、计算描述符(MW、LogP、TPSA)、生成指纹(Morgan、MACCS)、使用 SMARTS 执行子结构查询、创建 2D/3D 几何形状、计算相似性并运行化学反应。 来源:aminoanalytica/amina-skills。
打开你的终端或命令行工具(如 Terminal、iTerm、Windows Terminal 等) 复制并运行以下命令:npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit 安装完成后,技能将自动配置到你的 AI 编程环境中,可以在 Claude Code、Cursor 或 OpenClaw 中使用
https://github.com/aminoanalytica/amina-skills