·rdkit

用于分子操作和分析的 Python 化学信息学库。解析 SMILES/SDF/MOL 格式、计算描述符(MW、LogP、TPSA)、生成指纹(Morgan、MACCS)、使用 SMARTS 执行子结构查询、创建 2D/3D 几何形状、计算相似性并运行化学反应。

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安装

$npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit

如何安装 rdkit

通过命令行快速安装 rdkit AI 技能到你的开发环境

  1. 打开终端: 打开你的终端或命令行工具(如 Terminal、iTerm、Windows Terminal 等)
  2. 运行安装命令: 复制并运行以下命令:npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit
  3. 验证安装: 安装完成后,技能将自动配置到你的 AI 编程环境中,可以在 Claude Code、Cursor 或 OpenClaw 中使用

来源:aminoanalytica/amina-skills。

SKILL.md

查看原文

RDKit (v2023+) provides comprehensive Python APIs for molecular structure manipulation, property calculation, and chemical informatics. It requires Python 3 and NumPy, offering modular components for molecule parsing, descriptors, fingerprints, substructure search, conformer generation, and reaction processing.

| Molecule I/O | Parse SMILES, MOL, SDF, InChI; write structures | | Property Calculation | Molecular weight, LogP, TPSA, H-bond donors/acceptors | | Fingerprinting | Morgan (ECFP), MACCS keys, atom pairs, topological | | Similarity Analysis | Tanimoto, Dice, clustering compounds | | Substructure Search | SMARTS patterns, functional group detection |

| 3D Conformers | Generate, optimize, align molecular geometries | | Chemical Reactions | Define and execute transformations | | Drug-Likeness | Lipinski rules, QED, lead-likeness filters | | Visualization | 2D depictions, highlighting, grid images |

可引用信息

为搜索与 AI 引用准备的稳定字段与命令。

安装命令
npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit
分类
{}数据分析
认证
收录时间
2026-03-06
更新时间
2026-03-10

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快速解答

什么是 rdkit?

用于分子操作和分析的 Python 化学信息学库。解析 SMILES/SDF/MOL 格式、计算描述符(MW、LogP、TPSA)、生成指纹(Morgan、MACCS)、使用 SMARTS 执行子结构查询、创建 2D/3D 几何形状、计算相似性并运行化学反应。 来源:aminoanalytica/amina-skills。

如何安装 rdkit?

打开你的终端或命令行工具(如 Terminal、iTerm、Windows Terminal 等) 复制并运行以下命令:npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit 安装完成后,技能将自动配置到你的 AI 编程环境中,可以在 Claude Code、Cursor 或 OpenClaw 中使用

这个 Skill 的源码在哪?

https://github.com/aminoanalytica/amina-skills