Библиотека химинформатики Python для молекулярных манипуляций и анализа. Анализируйте форматы SMILES/SDF/MOL, вычисляйте дескрипторы (MW, LogP, TPSA), генерируйте отпечатки пальцев (Morgan, MACCS), выполняйте запросы к подструктурам с помощью SMARTS, создавайте 2D/3D геометрии, вычисляйте сходство и запускайте химические реакции.
Быстро установите AI-навык rdkit в вашу среду разработки через командную строку
Источник: aminoanalytica/amina-skills.
RDKit (v2023+) provides comprehensive Python APIs for molecular structure manipulation, property calculation, and chemical informatics. It requires Python 3 and NumPy, offering modular components for molecule parsing, descriptors, fingerprints, substructure search, conformer generation, and reaction processing.
| Molecule I/O | Parse SMILES, MOL, SDF, InChI; write structures | | Property Calculation | Molecular weight, LogP, TPSA, H-bond donors/acceptors | | Fingerprinting | Morgan (ECFP), MACCS keys, atom pairs, topological | | Similarity Analysis | Tanimoto, Dice, clustering compounds | | Substructure Search | SMARTS patterns, functional group detection |
| 3D Conformers | Generate, optimize, align molecular geometries | | Chemical Reactions | Define and execute transformations | | Drug-Likeness | Lipinski rules, QED, lead-likeness filters | | Visualization | 2D depictions, highlighting, grid images |
Стабильные поля и команды для ссылок в AI/поиске.
npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkitБиблиотека химинформатики Python для молекулярных манипуляций и анализа. Анализируйте форматы SMILES/SDF/MOL, вычисляйте дескрипторы (MW, LogP, TPSA), генерируйте отпечатки пальцев (Morgan, MACCS), выполняйте запросы к подструктурам с помощью SMARTS, создавайте 2D/3D геометрии, вычисляйте сходство и запускайте химические реакции. Источник: aminoanalytica/amina-skills.
Откройте терминал или инструмент командной строки (Terminal, iTerm, Windows Terminal и т.д.) Скопируйте и выполните эту команду: npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkit После установки навык будет автоматически настроен в вашей AI-среде разработки и готов к использованию в Claude Code, Cursor или OpenClaw
https://github.com/aminoanalytica/amina-skills