The Protein Data Bank hosts over 200,000 experimentally determined macromolecular structures plus computed models from AlphaFold and ModelArchive. This skill provides programmatic access to search, download, and analyze structural data.
| Structure Retrieval | Download coordinates for a known PDB ID | | Similarity Search | Find structures similar by sequence or 3D fold | | Metadata Access | Get resolution, method, organism, ligands | | Dataset Building | Compile structures for ML training or analysis | | Drug Discovery | Identify ligand-bound structures for a target |
| Quality Filtering | Select high-resolution, well-refined structures |
Запрос и получение структур белка/нуклеиновой кислоты из RCSB PDB. Используйте, когда вам нужно выполнить поиск в базе данных PDB структур или метаданных. Поддерживает поиск по тексту, последовательности и структуре, загрузку координат и поиск метаданных для рабочих процессов структурной биологии. Источник: aminoanalytica/amina-skills.