Libreria chimicoinformatica Python per la manipolazione e l'analisi molecolare. Analizza formati SMILES/SDF/MOL, calcola descrittori (MW, LogP, TPSA), genera impronte digitali (Morgan, MACCS), esegui query sulla sottostruttura con SMARTS, crea geometrie 2D/3D, calcola la somiglianza ed esegui reazioni chimiche.
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Fonte: aminoanalytica/amina-skills.
RDKit (v2023+) provides comprehensive Python APIs for molecular structure manipulation, property calculation, and chemical informatics. It requires Python 3 and NumPy, offering modular components for molecule parsing, descriptors, fingerprints, substructure search, conformer generation, and reaction processing.
| Molecule I/O | Parse SMILES, MOL, SDF, InChI; write structures | | Property Calculation | Molecular weight, LogP, TPSA, H-bond donors/acceptors | | Fingerprinting | Morgan (ECFP), MACCS keys, atom pairs, topological | | Similarity Analysis | Tanimoto, Dice, clustering compounds | | Substructure Search | SMARTS patterns, functional group detection |
| 3D Conformers | Generate, optimize, align molecular geometries | | Chemical Reactions | Define and execute transformations | | Drug-Likeness | Lipinski rules, QED, lead-likeness filters | | Visualization | 2D depictions, highlighting, grid images |
Campi e comandi stabili per citazioni AI/ricerca.
npx skills add https://github.com/aminoanalytica/amina-skills --skill rdkitLibreria chimicoinformatica Python per la manipolazione e l'analisi molecolare. Analizza formati SMILES/SDF/MOL, calcola descrittori (MW, LogP, TPSA), genera impronte digitali (Morgan, MACCS), esegui query sulla sottostruttura con SMARTS, crea geometrie 2D/3D, calcola la somiglianza ed esegui reazioni chimiche. Fonte: aminoanalytica/amina-skills.
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