Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.
| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |
| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |
تحليل شامل لعلم الجينوم الجيني وتحليل تنظيم الجينات الذي يدمج بيانات الجينوم الوظيفية لـ ENCODE، وزخارف ربط عامل النسخ JASPAR، والعناصر التنظيمية لرابطة الدول المستقلة SCREEN، ومواقع ربط ReMap TF، والتسجيل التنظيمي المتغير RegulomeDB، وتشكل الكروماتين 4D Nucleome، والميزات التنظيمية لـ Ensembl. ينفذ فهرسة العناصر التنظيمية، وتحليل عامل النسخ، وتسجيل التأثير التنظيمي المتغير، ورسم خرائط تشكيل الكروماتين، وتحديد ملامح المشهد التنظيمي المرتكز على الجينات. يُستخدم عند السؤال عن تنظيم الجينات، أو المعززات، أو المروجين، أو ربط عامل النسخ، أو التعديلات اللاجينية، أو بنية الكروماتين، أو المتغيرات التنظيمية، أو وظيفة الجينوم غير المشفرة. المصدر: mims-harvard/tooluniverse.