tooluniverse-literature-deep-research

A systematic approach to comprehensive literature research that starts with target disambiguation to prevent missing details, uses evidence grading to separate signal from noise, and produces a content-focused report with mandatory completeness sections.

| Gene symbol (EGFR, TP53, ATP6V1A) | Biological target | Phase 1 required | | Protein name ("V-ATPase", "kinase") | Biological target | Phase 1 required | | UniProt ID (P00533, Q93050) | Biological target | Phase 1 required | | Disease, pathway, method | General topic | Phase 1 optional | | "Literature on X" | Depends on X | Assess X |

CRITICAL: This phase prevents "missing target details" when literature is sparse or noisy.

إجراء بحث شامل في الأدبيات مع توضيح الهدف وتصنيف الأدلة واستخراج الموضوع المنظم. إنشاء تقرير مفصل يتضمن قائمة مراجعة الاكتمال الإلزامية، وتوليف النموذج البيولوجي، والفرضيات القابلة للاختبار. بالنسبة للأهداف البيولوجية، يحل المعرفات الرسمية (Ensembl/UniProt)، والمرادفات، وتسميات الاصطدامات، ويجمع سياق التعبير/المسار قبل البحث في الأدبيات. تقرير المخرجات فقط بشكل افتراضي؛ المنهجية في ملحق منفصل إذا طلب ذلك. يُستخدم عندما يحتاج المستخدمون إلى مراجعات شاملة للأدبيات، أو الملفات الشخصية المستهدفة، أو يسألون "ماذا تقول الأدبيات عن X؟". المصدر: mims-harvard/tooluniverse.