tooluniverse-epigenomics

SKILL.md

Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.

| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |

| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |

Analyse complète de l'épigénomique et de la régulation génique intégrant les données de génomique fonctionnelle ENCODE, les motifs de liaison du facteur de transcription JASPAR, les éléments cis-régulateurs SCREEN, les sites de liaison ReMap TF, la notation réglementaire des variantes RegulomeDB, la conformation de la chromatine 4D Nucleome et les caractéristiques réglementaires de l'Ensembl. Effectue le catalogage des éléments régulateurs, l’analyse des facteurs de transcription, la notation de l’impact réglementaire des variantes, la cartographie de la conformation de la chromatine et le profilage du paysage réglementaire centré sur les gènes. À utiliser lorsque vous êtes interrogé sur la régulation des gènes, les amplificateurs, les promoteurs, la liaison aux facteurs de transcription, les modifications épigénétiques, la structure de la chromatine, les variantes régulatrices ou la fonction du génome non codant. Source : mims-harvard/tooluniverse.

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