tooluniverse-epigenomics

SKILL.md

Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.

| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |

| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |

ENCODE機能ゲノミクスデータ、JASPAR転写因子結合モチーフ、SCREENシス調節エレメント、ReMap TF結合部位、RegulomeDBバリアント調節スコアリング、4Dヌクレオムクロマチン立体構造、およびEnsembl調節機能を統合した包括的なエピゲノミクスおよび遺伝子調節解析。制御要素のカタログ化、転写因子分析、バリアント制御影響スコアリング、クロマチン立体構造マッピング、および遺伝子中心の制御ランドスケーププロファイリングを実行します。遺伝子調節、エンハンサー、プロモーター、転写因子結合、エピジェネティック修飾、クロマチン構造、調節バリアント、または非コードゲノム機能について質問される場合に使用します。 ソース: mims-harvard/tooluniverse。

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