tooluniverse-epigenomics

SKILL.md

Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.

| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |

| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |

Análisis completo de epigenómica y regulación genética que integra datos de genómica funcional ENCODE, motivos de unión del factor de transcripción JASPAR, elementos reguladores cis SCREEN, sitios de unión ReMap TF, puntuación reguladora de variantes RegulomeDB, conformación de cromatina de nucleoma 4D y características reguladoras de Ensembl. Realiza catalogación de elementos regulatorios, análisis de factores de transcripción, puntuación de impacto regulatorio de variantes, mapeo de conformación de cromatina y elaboración de perfiles del panorama regulatorio centrado en genes. Úselo cuando se le pregunte sobre regulación genética, potenciadores, promotores, unión de factores de transcripción, modificaciones epigenéticas, estructura de la cromatina, variantes reguladoras o función del genoma no codificante. Fuente: mims-harvard/tooluniverse.

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