tooluniverse-epigenomics

SKILL.md

Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.

| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |

| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |

ENCODE 기능적 유전체학 데이터, JASPAR 전사 인자 결합 모티프, SCREEN cis-조절 요소, ReMap TF 결합 부위, RegulomeDB 변형 조절 스코어링, 4D Nucleome 염색질 구조 및 Ensembl 조절 기능을 통합하는 포괄적인 후생유전학 및 유전자 조절 분석입니다. 규제 요소 목록 작성, 전사 인자 분석, 변형 규제 영향 채점, 염색질 구조 매핑 및 유전자 중심 규제 환경 프로파일링을 수행합니다. 유전자 조절, 인핸서, 프로모터, 전사 인자 결합, 후생적 변형, 염색질 구조, 조절 변형 또는 비암호화 게놈 기능에 대해 질문을 받을 때 사용합니다. 출처: mims-harvard/tooluniverse.

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