tooluniverse-epigenomics

SKILL.md

Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.

| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |

| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |

Umfassende Epigenomik- und Genregulationsanalyse unter Einbeziehung von ENCODE-Funktionsgenomikdaten, JASPAR-Transkriptionsfaktor-Bindungsmotiven, SCREEN cis-regulatorischen Elementen, ReMap TF-Bindungsstellen, regulatorischer Bewertung der RegulomeDB-Variante, 4D-Nukleomchromatinkonformation und Ensembl-regulatorischen Merkmalen. Führt die Katalogisierung regulatorischer Elemente, die Analyse von Transkriptionsfaktoren, die Bewertung der regulatorischen Auswirkungen von Varianten, die Kartierung der Chromatin-Konformation und die genzentrierte Profilierung der regulatorischen Landschaft durch. Wird verwendet, wenn nach Genregulation, Enhancern, Promotoren, Transkriptionsfaktorbindung, epigenetischen Modifikationen, Chromatinstruktur, regulatorischen Varianten oder nichtkodierender Genomfunktion gefragt wird. Quelle: mims-harvard/tooluniverse.

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