tooluniverse-epigenomics

Comprehensive analysis of the regulatory genome integrating functional genomics experiments, transcription factor binding data, cis-regulatory element catalogs, chromatin conformation, and variant regulatory scoring. Generates structured regulatory landscape reports with evidence grading.

| T1 | [T1] | Direct experimental validation, functional assay | CRISPR-validated enhancer, reporter assay, luciferase | | T2 | [T2] | High-quality experimental data, curated | ENCODE ChIP-seq peak, SCREEN cCRE, ReMap binding site | | T3 | [T3] | Computational prediction, motif match | JASPAR motif score, RegulomeDB score, Ensembl regulatory prediction |

| T4 | [T4] | Association, text-mined, low confidence | Literature mention, low-score motif match, inferred regulation |

Комплексный анализ эпигеномики и регуляции генов, объединяющий данные функциональной геномики ENCODE, мотивы связывания транскрипционных факторов JASPAR, цис-регуляторные элементы SCREEN, сайты связывания ReMap TF, регуляторную оценку вариантов RegulomeDB, конформацию хроматина 4D Nucleome и регуляторные особенности Ensembl. Выполняет каталогизацию регуляторных элементов, анализ факторов транскрипции, оценку вариантов регуляторного воздействия, картирование конформации хроматина и профилирование геноцентричного регуляторного ландшафта. Используйте, когда вас спрашивают о регуляции генов, энхансерах, промоторах, связывании факторов транскрипции, эпигенетических модификациях, структуре хроматина, регуляторных вариантах или некодирующих функциях генома. Источник: mims-harvard/tooluniverse.