tooluniverse-single-cell

Comprehensive single-cell RNA-seq analysis and expression matrix processing using scanpy, anndata, scipy, and ToolUniverse.

BixBench Coverage: 18+ questions across 5 projects (bix-22, bix-27, bix-31, bix-33, bix-36)

Install: pip install scanpy anndata leidenalg umap-learn harmonypy gseapy pandas numpy scipy scikit-learn statsmodels

使用 scanpy、annadata 和 scipy 進行生產就緒的單細胞和表現矩陣分析。執行 scRNA-seq QC、歸一化、PCA、UMAP、Leiden/Louvain 聚類、差異表達（Wilcoxon、t 檢定、DESeq2）、細胞類型註釋、每細胞類型統計分析、基因表現相關性、批量校正 (Harmony)、軌跡推斷和細胞間通訊分析。新功能：使用 OmniPath（CellPhoneDB、CellChatDB）分析細胞類型之間的配體-受體交互作用，對通訊強度進行評分，識別訊號級聯，並處理多亞基受體複合物。與 ToolUniverse 基因註釋工具（HPA、Ensembl、MyGene、UniProt）和富集工具（gseapy、PANTHER、STRING）整合。支援 h5ad、10X、CSV/TSV 計數矩陣和預註釋資料集。在分析單細胞 RNA-seq 數據、研究細胞間相互作用、執行細胞類型差異表達、按細胞類型計算基因表達相關性、分析腫瘤免疫通訊或回答有關 scRNA-seq 數據集的問題時使用。 來源：mims-harvard/tooluniverse。