tooluniverse-single-cell

Comprehensive single-cell RNA-seq analysis and expression matrix processing using scanpy, anndata, scipy, and ToolUniverse.

BixBench Coverage: 18+ questions across 5 projects (bix-22, bix-27, bix-31, bix-33, bix-36)

Install: pip install scanpy anndata leidenalg umap-learn harmonypy gseapy pandas numpy scipy scikit-learn statsmodels

使用 scanpy、annadata 和 scipy 进行生产就绪的单细胞和表达矩阵分析。执行 scRNA-seq QC、归一化、PCA、UMAP、Leiden/Louvain 聚类、差异表达（Wilcoxon、t 检验、DESeq2）、细胞类型注释、每细胞类型统计分析、基因表达相关性、批量校正 (Harmony)、轨迹推断和细胞间通讯分析。新功能：使用 OmniPath（CellPhoneDB、CellChatDB）分析细胞类型之间的配体-受体相互作用，对通信强度进行评分，识别信号级联，并处理多亚基受体复合物。与 ToolUniverse 基因注释工具（HPA、Ensembl、MyGene、UniProt）和富集工具（gseapy、PANTHER、STRING）集成。支持 h5ad、10X、CSV/TSV 计数矩阵和预注释数据集。在分析单细胞 RNA-seq 数据、研究细胞间相互作用、执行细胞类型差异表达、按细胞类型计算基因表达相关性、分析肿瘤免疫通讯或回答有关 scRNA-seq 数据集的问题时使用。 来源：mims-harvard/tooluniverse。