tooluniverse-single-cell

Comprehensive single-cell RNA-seq analysis and expression matrix processing using scanpy, anndata, scipy, and ToolUniverse.

BixBench Coverage: 18+ questions across 5 projects (bix-22, bix-27, bix-31, bix-33, bix-36)

Install: pip install scanpy anndata leidenalg umap-learn harmonypy gseapy pandas numpy scipy scikit-learn statsmodels

Готовый к производству анализ отдельных клеток и матрицы экспрессии с использованием scanpy, anndata и scipy. Выполняет контроль качества scRNA-seq, нормализацию, PCA, UMAP, кластеризацию Лейдена/Лувена, дифференциальную экспрессию (Wilcoxon, t-test, DESeq2), аннотацию типов клеток, статистический анализ каждого типа клеток, корреляцию генной экспрессии, пакетную коррекцию (Harmony), вывод траектории и анализ межклеточных связей. НОВИНКА: анализирует взаимодействия лиганд-рецептор между типами клеток с помощью OmniPath (CellPhoneDB, CellChatDB), оценивает силу связи, идентифицирует сигнальные каскады и обрабатывает многосубъединичные рецепторные комплексы. Интегрируется с инструментами аннотации генов ToolUniverse (HPA, Ensembl, MyGene, UniProt) и инструментами обогащения (gseapy, PANTHER, STRING). Поддерживает матрицы счетчиков h5ad, 10X, CSV/TSV и предварительно аннотированные наборы данных. Используйте при анализе данных одноклеточного секвенирования РНК, изучении межклеточных взаимодействий, дифференциальной экспрессии типов клеток, вычислении корреляций экспрессии генов по типам клеток, анализе опухолевой иммунной связи или ответах на вопросы о наборах данных scRNA-seq. Источник: mims-harvard/tooluniverse.