tooluniverse-single-cell

Comprehensive single-cell RNA-seq analysis and expression matrix processing using scanpy, anndata, scipy, and ToolUniverse.

BixBench Coverage: 18+ questions across 5 projects (bix-22, bix-27, bix-31, bix-33, bix-36)

Install: pip install scanpy anndata leidenalg umap-learn harmonypy gseapy pandas numpy scipy scikit-learn statsmodels

Analisi di cellule singole e matrici di espressione pronte per la produzione utilizzando scanpy, anndata e scipy. Esegue QC scRNA-seq, normalizzazione, PCA, UMAP, clustering Leiden/Louvain, espressione differenziale (Wilcoxon, t-test, DESeq2), annotazione del tipo di cellula, analisi statistica per tipo di cellula, correlazione dell'espressione genica, correzione batch (Harmony), inferenza della traiettoria e analisi della comunicazione cellula-cellula. NOVITÀ: analizza le interazioni ligando-recettore tra tipi di cellule utilizzando OmniPath (CellPhoneDB, CellChatDB), valuta la forza della comunicazione, identifica le cascate di segnalazione e gestisce i complessi recettoriali a più subunità. Si integra con gli strumenti di annotazione genetica ToolUniverse (HPA, Ensembl, MyGene, UniProt) e gli strumenti di arricchimento (gseapy, PANTHER, STRING). Supporta matrici di conteggio h5ad, 10X, CSV/TSV e set di dati pre-annotati. Da utilizzare durante l'analisi dei dati RNA-seq di una singola cellula, lo studio delle interazioni cellula-cellula, l'esecuzione dell'espressione differenziale del tipo di cellula, il calcolo delle correlazioni dell'espressione genica per tipo di cellula, l'analisi della comunicazione tumore-immunità o la risposta a domande sui set di dati scRNA-seq. Fonte: mims-harvard/tooluniverse.