Qu'est-ce que tooluniverse-single-cell ?
Analyse de cellules uniques et de matrices d'expression prêtes pour la production à l'aide de scanpy, anndata et scipy. Effectue le contrôle qualité scRNA-seq, la normalisation, la PCA, l'UMAP, le clustering Leiden/Louvain, l'expression différentielle (Wilcoxon, test t, DESeq2), l'annotation de type cellulaire, l'analyse statistique par type de cellule, la corrélation d'expression génique, la correction par lots (Harmony), l'inférence de trajectoire et l'analyse de la communication cellule-cellule. NOUVEAU : analyse les interactions ligand-récepteur entre les types de cellules à l'aide d'OmniPath (CellPhoneDB, CellChatDB), évalue la force de communication, identifie les cascades de signalisation et gère les complexes récepteurs multi-sous-unités. S'intègre aux outils d'annotation de gènes ToolUniverse (HPA, Ensembl, MyGene, UniProt) et aux outils d'enrichissement (gseapy, PANTHER, STRING). Prend en charge les matrices de comptage h5ad, 10X, CSV/TSV et les ensembles de données pré-annotés. À utiliser pour analyser des données de séquençage d'ARN unicellulaire, étudier les interactions cellule-cellule, effectuer une expression différentielle de type cellulaire, calculer des corrélations d'expression génique par type de cellule, analyser la communication tumeur-immunité ou répondre à des questions sur les ensembles de données scARN-seq. Source : mims-harvard/tooluniverse.