tooluniverse-single-cell

Comprehensive single-cell RNA-seq analysis and expression matrix processing using scanpy, anndata, scipy, and ToolUniverse.

BixBench Coverage: 18+ questions across 5 projects (bix-22, bix-27, bix-31, bix-33, bix-36)

Install: pip install scanpy anndata leidenalg umap-learn harmonypy gseapy pandas numpy scipy scikit-learn statsmodels

تحليل مصفوفة الخلية المفردة والتعبير الجاهزة للإنتاج باستخدام scanpy وanndata وscipy. ينفذ مراقبة الجودة scRNA-seq، والتطبيع، وPCA، وUMAP، وتجميع Leiden/Louvain، والتعبير التفاضلي (Wilcoxon، t-test، DESeq2)، والتعليق التوضيحي لنوع الخلية، والتحليل الإحصائي لكل نوع من الخلايا، وارتباط التعبير الجيني، وتصحيح الدفعة (Harmony)، واستدلال المسار، وتحليل الاتصالات بين الخلايا. جديد: يحلل تفاعلات مستقبلات الروابط بين أنواع الخلايا باستخدام OmniPath (CellPhoneDB، CellChatDB)، ويسجل قوة الاتصال، ويحدد شلالات الإشارات، ويتعامل مع مجمعات مستقبلات الوحدات الفرعية المتعددة. يتكامل مع أدوات التعليقات التوضيحية للجينات ToolUniverse (HPA، Ensembl، MyGene، UniProt) وأدوات الإثراء (gseapy، PANTHER، STRING). يدعم مصفوفات العد h5ad و10X وCSV/TSV ومجموعات البيانات المشروحة مسبقًا. يُستخدم عند تحليل بيانات RNA-seq أحادية الخلية، أو دراسة تفاعلات الخلايا الخلوية، أو إجراء تعبير تفاضلي لنوع الخلية، أو حساب ارتباطات التعبير الجيني حسب نوع الخلية، أو تحليل الاتصال المناعي للورم، أو الإجابة على أسئلة حول مجموعات بيانات scRNA-seq. المصدر: mims-harvard/tooluniverse.