instrument-data-to-allotrope

Convert instrument files into standardized Allotrope Simple Model (ASM) format for LIMS upload, data lakes, or handoff to data engineering teams.

Note: This is an Example Skill This skill demonstrates how skills can support your data engineering tasks—automating schema transformations, parsing instrument outputs, and generating production-ready code.

To customize for your organization: Modify the references/ files to include your company's specific schemas or ontology mappings Use an MCP server to connect to systems that define your schemas (e.g., your LIMS, data catalog, or schema registry) Extend the scripts/ to handle proprietary instrument formats or internal data standards

Преобразуйте выходные файлы лабораторных приборов (PDF, CSV, Excel, TXT) в формат JSON аллотропной простой модели (ASM) или плоский 2D CSV. Используйте этот навык, когда ученым необходимо стандартизировать данные приборов для систем LIMS, озер данных или последующего анализа. Поддерживает автоматическое определение типов инструментов. Выходные данные включают полный ASM JSON, плоский CSV для удобного импорта и экспортируемый код Python для инженеров данных. Общие триггеры включают преобразование файлов приборов, стандартизацию лабораторных данных, подготовку данных для загрузки в системы LIMS/ELN или создание кода синтаксического анализатора для производственных конвейеров. Источник: anthropics/life-sciences.